蛋白功能预测

我们在遇到一些新的蛋白的时候，经常需要去了解这个蛋白的功能。如果是一个新的还没有功能注释的蛋白，一般数据库就用不了了。这个时候就可以使用 NetGo 来对蛋白的序列进行功能注释了。

NetGo基于三重信息来对蛋白序列进行功能预测：

1. 基于已知的功能信息信息(GO数据库)
2. 基于STRING蛋白相互作用数据库进行注释
3. 如果没有互作蛋白的可以进行同源转换进行注释。

PS: 官网说这么多，其实也就是想说明NetGO对于功能预测会好。。。

fasta序列

数据库需要输入一个FASTA序列的氨基酸序列即可。所谓的fasta序列就是在我们知道的氨基酸序列前面加一行>注释信息。例如:

> RNF180
MSSMSSAEEQFQWQSQDGQKDIEDELTTGLELVDSCIRSLQESGILDPQDY

第一行的东西只是告诉电脑，我们输入那些序列的是什么东西。

输入

具体操作就是在下图的地方输入我们想要进行预测的序列即可。

最后点击submit

结果展示

对于功能的预测。数据库也是按照GO分析的分析分成了：分子功能(MF)，生物学过程(BP)以及细胞组分(CC)。对于每一个预测的结果。也根据不同的得分加上了不同的颜色。

对于每一个结果都是展示也分成了图片和图表。

• 图片可以看到整个GO分析的结果当中的层级关系

• 表格则是结果的另一种形式而已。

数据库评价

对于蛋白功能预测的话，已知的蛋白基本上都已经基于GO预测好了。如果我们研究的是已知常规蛋白的话，其实可以去类似Genecards或NCBI的gene数据库直接看的。这个数据库更多的可以用于新发现的蛋白的预测，或者说一个基因不同转录本之间的研究，看有没有功能的区别。