微生物组研究中的术语建议~~

Journal: Microbiome

IF: 10.465

Year: 2015

Link: https://microbiomejournal.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s40168-015-0094-5

微生物领域的迅速发展伴随着用于描述群落及其环境的词汇的混淆。

microbiome, microbiota, metabolomic, metagenome, metagenomics 等术语的误用导致了科学界和公众对许多研究结果的误解。本文提出了这些术语的明确定义。

Microbiota

在特定环境中存在的微生物的集合。微生物的普查利用分子方法建立，主要依靠分析16S rRNA基因、18S rRNA基因或其他标记基因和基因组区域，并从给定的生物样本中扩增和测序。

Metataxonomics

用于描述整个microbiota 的高通量过程，并创建一个树，显示了获得的所有序列之间的关系。

Metagenome

从microbiota 中收集基因组和基因。通过鸟枪测序，进行组装或映射到参考数据库，然后注释。

Microbiome

这个术语指的是整个生境，包括微生物(细菌、古菌、低等和高等的真核生物、病毒)及其基因组，以及周围的环境条件。这个定义基于“biome”，即特定环境中的生物和非生物因素。

Metabolomics

这一术语描述了用于确定任何给定菌株或单个组织中代谢物的分析方法。对任何给定菌株或单个组织中存在的所有代谢产物的结果普查称为metabolome。最常用的表征代谢组的平台包括核磁共振(NMR)光谱和与液相色谱分离系统相连接的质谱(MS)。

Metabonomics

这个术语是metabolomic的变体，它描述了复杂的系统(如哺乳动物中多个菌株或组织)生成代谢物对总代谢物池(例如粪便水、尿液或血浆)产生贡献的方法。这个术语避免了meta-metabolomics的不正当使用。

Metatranscriptomics

这个术语指的是通过对相应的meta-cDNAs进行高通量测序来分析一组表达的RNA (meta-RNAs)。该方法提供了有关复杂微生物群调控和表达谱的信息。

Metaproteomics

这个术语指的是在给定时间点对环境或临床样本的蛋白质进行大规模表征。该方法不加鉴别地从microbiota和宿主/环境(metagenome)中识别蛋白质。计算分析为这些蛋白质的生物学起源提供了依据。通常采用液相色谱-质谱联用技术进行多肽鉴定。

Misnomers and correct usage of the terms

“16S survey,” “16S sequencing,” or “16S analysis”这些用法都不标准。正确的用法为“16S rRNA genes” or “16S rRNA gene sequencing/analysis.”

Microflora这个词已经用了很长时间，然而它的定义并不证明它可以用来描述与人类有关的微生物群落(即microbiota)。Microflora主要还是指微型植物，或微型栖息地的植物或植物群。Microflora指的是植物而不是微生物。近期文献中用它指微生物其实是一种误用。

作者建议用microbiota来描述生活在微生境中的微生物的集合。

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