Microbiome Helper: 微生物实验及分析的宝藏资源

Journal: mSystem

Year: 2017

Link: https://msystems.asm.org/content/2/1/e00127-16.abstract

本文中，作者为微生物组测序和生物信息学分析提供了一个开放的、用户友好的、精简的SOP。他们的方法已经对超过17000个样品进行了测试与改进。生物信息资源，包括SOP和自定义脚本，以及全面的教程，都可以通过Microbiome Helper(https://github.com/mlangill/microbiome_helper/wiki)访问~

实验及分析流程

Github上的主要内容：

Microbiome Amplicon Sequencing Prep Workflow

从DNA提取到测序的详细步骤及用时

Amplicon SOP v2(virtual box workflow)

基于2018.6版本的QIIME2的数据全套分析流程及代码

Amplicon SOP v2 (qiime2-2019.7)

基于2019.7版本的QIIME2的数据全套分析流程及代码

Metagenomics SOP v2

宏基因组分析流程及代码

Old SOPs

其他老版本的SOPs

Tutorials

• Metagenomics Tutorial
• Intro to GNU Parallel
• Download From SRA
• Random Forest Tutorial in R
• Other Tutorials

Tutorials中包含宏基因组流程、并行运算、如何从SRA中下载数据、R中进行随机森林分析的代码等等。