rBLAST:跑blast的R包

##https://github.com/mhahsler/rBLAST

library(devtools)
devtools::install_github("mhahsler/rBLAST")
library(rBLAST)

##需要自己下载blast
#寻找本地可用的blast
Sys.which("blastn") 

#如果找不到需要自己设置环境变量
Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"), "path_to_BLAST", sep= .Platform$path.sep))

#版本检查
system("blastn -version")

##建数据库
dir <- tempdir()
db = makeblastdb(file.path(dir, "seqs.fasta"), dbtype = "nucl", args="")
#dbtype:"nucl" or "prot"
#args:其他参数

## 加载数据库
bl <- blast(file.path(dir, "seqs.fasta"))
bl


## 比对，并设置输出格式。seq为需要比对的序列
output <- predict(bl, seq, custom_format = "qseqid bitscore length")