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Frontiers: 样本量决定了微生物数量

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Listenlii-生物信息知识分享
发布2020-06-01 17:29:05
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发布2020-06-01 17:29:05
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Journal: Frontiers in Microbiology

Type: Perspective Published: 07August 2019

Link: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2019.01820/full#h1

核心结果:微生物OTU的数量与采样方法(grid, random, 或representative)关系不大,而随着采样量的增加不断增加。

方法

收集了之前的454数据,mothur质控,USEARCH97%聚类OTU。重抽数5,529。在此基础上采用三种采样方法:

Representative sampling:不同土地利用方式、不同土壤性质及气候条件兼顾。共取得144个样本。

Grid:保持和Representative相同的测序深度。样本按照网格的位置取得151个样本。

Random sampling:保持和Representative相同的测序深度。从1798个样本随机抽取144个。过程重复10次取平均。

OTU按照序列丰度占整个数据集的大于/小于0.001%划分为common/rare物种。

结果

样本量和OTU的关系。实线为rare物种。虚线为common物种。在仅有4%的样本时common物种已经不再增加。点是grid采样方法,线为random采样方法。几乎没有差别。红色的点和线为增加采样量的结果,可以更快的得到较多的物种数。

不同采样方法之间rare OTU差异很大,而common OTU几乎没有差异。

建议

在给定的区域内需要较高的样本数量,即减少样本之间空间上的距离,增加样本个数来得到更多的rare OTU。

挖一个坑:

本文虽然揭示了样本量的重要作用,但是并没有很多具有实际指导意义的定量结论。采样的尺度、所用的方法到底会对结果造成什么影响、是否混样以及测序深度对结果的影响尚不明确。此外本文对common和rare物种的定义也是值得商榷的。OTU的聚类方法也值得讨论。在此先挖一个坑,以后会有答案~

END

本文参与 腾讯云自媒体分享计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-10-11,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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