KnockTF(http://www.licpathway.net/KnockTF/search.php)数据库就是基于这个目的构建的数据库。这个数据库收录了目前公共数据库当中敲减该转录因子后做的表达谱(芯片、二代测序)的数据,进而来反映这个转录因子变化后对于基因表达的影响。
这个数据库主要提供了4个功能: 浏览功能、检索功能、分析功能、下载功能。由于功能比较多我们分两天来分别介绍(其实是偷懒而已)。
浏览功能
我们在浏览功能当中可以看到整个数据库所有的数据分类。左边主要是数据纳入的基本信息,包括数据来自的数据库、样本种类和转录因子;右边是每个数据集的详细信息,包括数据集ID、涉及转录因子、敲除的方式和实验组织等等
我们可以看到数据库主要纳入了GEO和ENCODE的公共数据。
我们点击数据集的ID号,可以看到这个数据集相关结果。其中包括六个部分的结果。
分析功能
分析功能里面,我们可以基于这个数据集进行基本的分析。其中包括亚网络分析以及转录因子富集分析。
假如我们有一些基因想要寻找这些基因的共调控关系,就可以用这个功能。我们需要数据目标基因即可。这个功能其实类似于ChEA3数据库。
如果我们有一堆转录因子想看这些转录因子是否收到受到一个转录因子的影响(并不一定是直接调控),可以使用这个功能。我们需要做的就是输入一堆目标基因,然后基于knock down的表达谱数据来看我们这些基因是不是这个数据集的差异表达基因。
今天就介绍了这个数据库的两个功能。明天对于数据库的检索功能,我们继续讲解。