KnockTF：转录因子敲除数据库（二）

昨天我们介绍了这个数据库的其中一部分功能 KnockTF：转录因子敲除数据库(一)，今天把这个数据库的其它功能介绍完。

检索功能

这个功能提供了四个选项可以让我们进行检索：基于转录因子、基于目标基因、基于敲除手法、基于组织类型。转录因子检索的结果和我们上述浏览的差不多，所以这里我们就基于目标基因检索来介绍一下。

在这个目标基因这里，我们只需要数据目标基因即可。同时选择差异结果的筛选值，这里可是选择FC = 2/1.5(由于样本量小，所以放宽筛选标准也是可以的)。

结果当中，我们可以看到存在差异表达的数据集的汇总信息。

我们点击数据集ID显示的结果就和上面介绍的一样。。点击目标基因的话，则会显示以下几个基因信息：

1. 目标基因的的基本信息：从中可以看到这个基因的基本结构信息以及关于调控这个基因的云图。

1. 在敲减数据集里面目标基因存在差异的具体数据集。这里的结果只是在数据集当中存在差异表达，但是具体是不是直接调控就说不准了。

1. 基于基因序列位置来预测的可能的结合的转录因子。其中包括chip-seq的数据以及motif的数据。上面的结果说明收到影响但是不一定直接影响，这个数据则说明了可能收到影响不一定影响表达。

1. 目标基因在公共数据集当中的表达情况：这个也是基于GTEx、TCGA、CCLE、ENCODE数据库来做的。

下载功能

下载功能这里，提供了数据库所有分析的全部结果以及原始结果，可以让我们得到数据库所有想要的原始数据。真的是十分的良心呀。

我们可以得到数据库分析的所有表达谱数据的矩阵数据。

可以获得数据库当中作用差异表达基因的结果。

这个挺建议收藏的。做一个自己的离线DIY数据库。

以及关于启动子；SE以及TE区域的转录因子结合的分析结果。

这个结果里面包括了各个位置的定义。

以及分析的具体数据结果。只是转录因子的chip-se数据太大了。大家就酌情考虑要不要下载吧。

数据库总结

通过两天的时间，我们把这个数据库的功能介绍完了。虽然数据库只是把公共的数据拿来分析了整合了一下。。如果我们想要转录因子的敲除/减数据集的话，其实来这里找就行了。其实建议还是Chip-seq的数据和这个敲减的数据一起联合分析，这个找到的结果基本上就是受到这个转录因子调控且影响基因功能的结果了。

另外不得不的感叹哈医大这些做数据库的人的厉害。。一个课题组，19-20年四篇文章，其中三遍是NAR。厉害厉害。不过也确实挺方便使用的。