当我们有一套这样的数据,并且想进行坐标转换的时候:
运行如下代码:
liftOver human.bed ~/liftover/hg19ToHg38.over.chain.gz human_hg38.bed unmap
这里会报错: Reading liftover chains Mapping coordinates invalid signed integer: "+"
第四列及后边存在制表符和空格等都会报错,但是我们需要后边的信息怎么办呢?
这里我们可以用":"或者其他字符将制表符和空格替换掉,然后运行liftOver:
sed -i 's/\t/:/g' human.bed
sed -i 's/ /#/g' human.bed
liftOver human.bed ~/liftover/hg19ToHg38.over.chain.gz human_hg38.bed unmap
替换之后文件如下:
这样就可以运行liftOver了,最后得到转换过的坐标文件之后,将:和#再替换回来即可。