bwa双端数据比对错误：paired reads have different names原因及解决方法

用bwa对一个自己构建的模拟数据进行比对的时候，发现bwa sampe过程中直接error跳出，报错：paired reads have different names。但是我去检查了一下报错的两条reads，这两个名字确实是一致的，并且在两fq文件中的位置一致。

网上搜了一些原因，发现了这个讨论：https://github.com/lh3/bwa/issues/228。感觉这个比较靠谱：

于是我先下载了fastq tools，打算用fastq-sort先确保一下文件是排序过，fq1和fq2名字是完全对应的。

 fastq-sort test_pe_100.fq1 > test_pe_100_sort.fq1
 fastq-sort test_pe_100.fq2 > test_pe_100_sort.fq2

重新运行bwa aln和bwa sampe，发现还是报错。并且在bwa aln fq2的时候，我发现最后有这么一条： [bwa_sai2sam_pe_core] 913812 sequences have been processed. 这里处理的数据与我实际的数据不符，此处应该有920000条序列。所以应该是哪里构建的reads不对。

但是实在不知道哪里有问题，于是试着用截图中的第一种方法 BBtools去检查一下。

bash ~/bbmap/repair.sh in=${path}/test_pe_100.fq1 \
        in2=${path}/test_pe_100.fq2 \
        out1=${path}/renamed1.fq \
        out2=${path}/renamed2.fq

虽然没给我修复成功，但是中间报了一个错误，让我知道是咋回事了。报错提示的是，fq1和fq2中的某对reads长度不一致。 检查了一下发现真的是不一致。 最后重新构建了一遍数据，bwa比对就没再报错了。

bwa的sampe和mem都可能会出现这个错误，当这个错误出现时，可能存在有以下原因： 1） fq1和fq2的reads名字不一致； 2）fq1和fq2对应reads的长度不一致； 3）fq1和fq2中的reads顺序不同 ......