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使用IBS绘制蛋白质或核苷酸序列

简介:生物序列图是可视化蛋白质或核苷酸序列中各种功能元件的基础。 在这里,我们介绍了一个称为IBS的软件包,该软件包可用于以方便和精确的方式表示蛋白质或核苷酸序列。 IBS中提供了多个选项,并且可以按照用户定义的模式对生物序列进行操作,重新着色或重新缩放。 而且,最终可以生成可作为文献发表的图片。

IBS(Illustrator for Biological Sequences)是一个专业的基因及蛋白序列图绘制软件,既可以画蛋白质序列,也可以画可视化核酸序列,同时还拥有多种模板与推荐配色。该软件的制作团队为华中科技大学薛宇教授的团队,如果大家发文章使用了这个软件,请记得引用他们的文章。

第一步:首先查找相关基因或者蛋白质的序列结构,这里我用的是ERBB2蛋白结构域信息。

第二步:下载和安装IBS软件,根据自己电脑的系统下载。(http://ibs.biocuckoo.org/download.php

第三步:打开软件,在左上角新建一个新的project。首先根据上面得到的信息,绘制序列长度即可。

第四步:新增一个结构域,设置其起始点,颜色等信息。

第五步:依照ERBB2的示例,我们新增一个文字Note,设置文字内容,字体大小等信息,文字位置等信息。

第六步:依照ERBB2的示例,我们新增一个圆形Site信息,设置Site位置,颜色等信息。

最终得到如下的图片

第七步。左上方export image as可将图片保存

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