序列可以反着拼接吗？

其实这个很好解释，反着拼肯定能出结果，且出来的序列和正常拼接必然是反向互补的关系。大家稍微思考一下应该可以明白。

如R1序列是abcd，R2序列就是dcba，正常拼出来的是abcd，而反着拼出来是dcba。

为了验证，我拿了一些数据测试，也证实了确实是反向互补的关系。

继续往下思考，不管是正常的序列还是反向互补序列，序列之间的相似度并不会改变，因此对于OTU的生成是不会产生影响的，且对于只用OTU进行的任何分析也不会有任何影响。

但是物种注释呢，注释时会同时取序列和反向互补序列进行注释么？我也随便拿一批数据用RDP试了一下，看了一些高丰度OTU的注释结果是一样的。

但是也必须注意，正常拼接和反着拼接刚拼完的序列肯定是反向互补的，但是由于后续的质量控制可能会切掉序列的一部分，这就导致正常拼接和反着拼接的序列不能严格对应上了。但是序列主体还是一样的，对物种注释应该不会产生太大的影响。

综上，只能说反着拼对OTU没影响，对基于RDP的物种注释影响不大。但是对于其他的物种注释算法是否有影响还不清楚。另外对需要参考数据库的分析也可能会带来问题。