前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >听说你在找中药-靶点-疾病的关系,那么请收下这个数据库吧

听说你在找中药-靶点-疾病的关系,那么请收下这个数据库吧

作者头像
百味科研芝士
发布2020-06-24 17:52:06
2.2K0
发布2020-06-24 17:52:06
举报
文章被收录于专栏:百味科研芝士百味科研芝士

今天想要跟大家分享的是一个中医中药的数据库,也是做网络药理学研究比较常用的网站。

ETCM(The Encyclopedia ofTraditional Chinese Medicine)

网址:

http://www.tcmip.cn/ETCM/index.php/Home/

被称为传统中药百科全书的ETCM网站是2018年上线的中草药的数据库。数据库中收录了402种中草药、3959个药方、7284种有效成分,此外还收录了中草药有效成分可能靶向的基因靶标2266个,及相对应的4323种疾病。同时,数据库提供了系统分析的方法和结果,方便你对中药进行深入了解。

那么问题来了,我们能用这个数据库做什么?

1、找草药

点击Herbs,首先看到的就是三个饼图,数据库分别根据草药的类型、特性和针对的人体经络进行了分类。

我们在第三个饼图选择肺经(lung meridian),来看看草药的具体情况。

搜索结果呈现出了能够影响肺经的草药,比较贴心的是数据库也支持中文搜索,同时也会有中文的解释。我们点开第一个选项白果看一下(不知道这个白果,是不是白果炖鸡的那个白果)。

草药都是以中文进行的基本介绍,包括分布、外观、采摘时间和处理方法等。

数据库列举了草药中的有效成分,以及预测得到的潜在靶标。网页下拉到这一模块的最后,还能看到白果可能靶向基因的GO分析,当然不仅仅是有这个图。

生信分析的标配,靶向基因的信号通路分析图也帮你做好了。如果感觉这个还不够的话,还有下面这个。

总的来说,网络药理学的生信分析图基本数据库都能够挖掘到,就看你怎么去用好这个网站了。

2、找靶基因

如果有了确定的靶基因,就可以反向去找药物,不过不是每一个基因都能找到对应的药物,比如我用我最常举例的HK2去搜索,就没有靶向的草药。

Target检索的好处在于基因和药物都可以溯源到基本介绍,便于我们了解基因功能和药物成分。我比较常用的还是通过Network去分析特定药物作用在哪些靶基因上。

点击Systematic analysis,按照网站的提示步骤一步一步操作,以艾叶为例,我们就可以通过限定找到艾叶的有效成分可以靶向的基因了,在深入分析这些基因在信号通路中发挥怎样的功能,是不是就有了一点思路了。

数据库能做什么,怎么去做,都在这篇文章里了,感兴趣的同学可以结合这篇文章去挖掘一下。

文章中的网络图既是一种数据库的介绍,也可以看做中草药网络药理学的思路图。

希望今天的分享对大家有用。

本文参与 腾讯云自媒体分享计划,分享自微信公众号。
原始发表:2020-06-23,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 百味科研芝士 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体分享计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
相关产品与服务
数据库
云数据库为企业提供了完善的关系型数据库、非关系型数据库、分析型数据库和数据库生态工具。您可以通过产品选择和组合搭建,轻松实现高可靠、高可用性、高性能等数据库需求。云数据库服务也可大幅减少您的运维工作量,更专注于业务发展,让企业一站式享受数据上云及分布式架构的技术红利!
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档