工作的时候画出来这么一张图:
p <- ggplot(compare_runs, aes(x = log10(V5 + 10^-3), y = log10(V10 + 10^-3), color = group, alpha = 0.5)) + \
geom_point() + \
theme_classic() + \
labs(x = 'TPM1', y = 'TPM2') + \
scale_color_manual(values = c('#FF7A00', '#B53AD4', '#5DCFC3')) + \
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) + \
guides(color = FALSE, alpha = FALSE)
p
但是这里有个问题是,本来应该还有一组点,因为这一组点最少,画在最下边被挡住了。我想让这一组点显示出来。一开始我打算修改分组的levels的顺序,将这一组换一下位置,但是最终图并没有变化。
最后发现可以直接再加一个图层,将这一组重新画一组点图即可:
compare_gencode <- compare_runs[1:8661, ]
p + \
geom_point(data = compare_gencode, aes(x = log10(V5 + 10^-3), y = log10(V10 + 10^-3)), color = '#FF7A00', alpha = 0.5)