R中极树状图实现
R中极树状图实现
生信编程日常
发布于 2020-06-28 15:52:39
发布于 2020-06-28 15:52:39
极树状图类似于系统发育图或者环形的聚类图，其效果如下图所示：
查了一下相关资料，可以通过以下两种方法实现。以下用mtcars数据为例。
1. ape包
library(ape)
data('mtcars')
new_mtcars <- mtcars[,1:7]
plot(as.phylo(hclust(dist(new_mtcars))),type="fan")
2. circlize和dendextend
用circlize_dendrogram画图，可以比上一种方法更精细的画图。
hc = hclust(dist(new_mtcars), method = 'complete') %>% as.dendrogram %>% set('labels_cex', c(0.8))
# 根据分支设置颜色
dend <- dend %>%
color_branches(k=4) %>%
color_labels
pdf('~/test.pdf', width=8, height = 8)
circlize_dendrogram(dend, labels_track_height = NA, dend_track_height = .4)
dev.off()
根据数据某一列分组指定颜色：
hc = hclust(dist(new_mtcars), method = 'complete') %>% as.dendrogram %>% set('labels_cex', c(0.8))
test_colors <- c('#B1F100', '#FF7400', '#FFAA00', '#1240AB', '#009999')
labels_colors(hc) = test_colors[mtcars$gear[order.dendrogram(hc)]]
pdf('~/test2.pdf', width=8, height = 8)
circlize_dendrogram(hc, labels_track_height = NA, dend_track_height = .4)
dev.off
本文参与 腾讯云自媒体分享计划，分享自作者个人站点/博客。
如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
评论
登录后参与评论
推荐阅读
目录