「R」gtsummary 用表格玩转数据汇总

王诗翔呀

发布于 2020-07-03 12:12:59

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发布于 2020-07-03 12:12:59

文章被收录于专栏：优雅R

gtsummary 是一个基于 gt 包的数据汇总表生成包。

项目地址：https://github.com/ddsjoberg/gtsummary[1]

特性

支持数据框
支持回归模型
支持自定义
支持 RMarkdown

安装

稳定版：

install.packages("gtsummary")

开发版：

remotes::install_github("ddsjoberg/gtsummary")

使用

数据框

跟它的依赖包 gt 很类似。下面有动态图：

代码如下：

library(gtsummary)
# 造数据集
trial2 <- trial %>% dplyr::select(trt, age, grade, response)

# 汇总
table1 <- tbl_summary(trial2)

美观的表格就出来了！

再看一个例子，我们将数据分组汇总：

table2 <- tbl_summary(
  trial2,
  by = trt, # 分组
  missing = "no" #隐藏缺失数据
) %>%
  add_n() %>% # 增加观测值汇总
  add_p() %>% # 增加组间比较的统计检验结果
  bold_labels()

这样美观的表格有了，想要计算的显著性也有了。

回归模型

来一个逻辑回归：

mod1 <- glm(response ~ trt + age + grade, trial, family = binomial)

t1 <- tbl_regression(mod1, exponentiate = TRUE)

增加一个生存分析 Cox 回归结果，并放到一起：

library(survival)

# build survival model table
t2 <-
  coxph(Surv(ttdeath, death) ~ trt + grade + age, trial) %>%
  tbl_regression(exponentiate = TRUE)

# merge tables 
tbl_merge_ex1 <-
  tbl_merge(
    tbls = list(t1, t2),
    tab_spanner = c("**Tumor Response**", "**Time to Death**")
  )