如果做肿瘤研究,不知道做什么基因或者蛋白,也不知道从何处入手?那给你推荐一个数据库,或许可以给你提供一些思路。这个数据库就是:The Pathology Atlas公开数据库。
(www.proteinatlas.org/humanproteome/pathology)
The Pathology Atlas是The Human Protein Atlas数据库(www.proteinatlas.org)中提供疾病相关研究数据的部分,它包含了17种不同形式的人类癌症的mRNA和蛋白质表达数据。
以基因为中心,对近8,000例癌症患者进行了人类基因表达水平与临床预后的相关性分析,其中包括18000多个具有高度显著性(p<0.001)的Kaplan-Meier曲线图。
所有的转录组数据都是从癌症基因组图谱中检索出来的,所有的蛋白质组学数据都是使用与正常人体组织中的蛋白质表达谱相同的抗体在内部生成的。
通过分析肿瘤组织中人类基因mRNA表达水平和近8000名癌症患者预后数据的相关性,得到18000多个具有显著性的结果(p <0.001),提示特定基因的表达与特定肿瘤的发生发展存在联系。
此外,通过组织芯片(TMA)分析不同癌症类型的蛋白表达情况,得到了超过500万个癌症组织的免疫组化(IHC)结果图,提示特定蛋白的表达与特定肿瘤的发生发展存在联系。
除此之外,The Pathology Atlas数据库中的蛋白质,都有对应抗体的上百张不同实验类型验证结果图,包含IHC、WB、IF等。其中IHC的验证结果包括了不同的组织器官类型。提供这些验证数据的抗体都来自于Atlas Antibodies,可以说Human Protein Atlas的庞大数据集都是以Atlas Antibodies的抗体为工具建立起来的。同时,IHC也广泛应用于医院病理/检验科,用于检测患者病变组织,提供病理诊断。
具体的数据库,你进入官网。阅读一下就知道啦,比如肝癌,都给你分析好了,2618个预后不良的基因。
自己去探索一下吧,希望能找到你研究的方向。
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