如何利用系谱进行家系划分并可视化？

概念定义共祖系数：共祖系数为概率fAB，表示一个来自个体A，另一个来自个体B的两个同源基因（或等位基因）在系谱上是一致或相同的概率，也就是说来自同一祖先基因的概率，

相关系数： 是2倍的共祖系数

近交系数： 近交系数（inbreeding coefficient）是指根据近亲交配的世代数，将基因的纯化程度用百分数来表示即为近交系数，也指个体由于近交而造成异质基因减少时，同质基因或纯合子所占的百分比也叫近交系数，个体中两个亲本的共祖系数。

如果系谱构建好的A矩阵，如何进行家系划分呢？

1. 数据格式：矩阵

包括行号和列号

2. 热点图+聚类

# 热点图
heatmap(Amat)

3. 纵向聚类图1

# 横向聚类1
library(amap)
clu <- hclusterpar(Amat)
plot(clu,sub="",hang = -1,xlab = NA,ylab = NA,main = NA)

4. 纵向聚类图2

# 横向聚类
library(cluster)
agnx <- agnes(Amat,method = "complete")
pltree(agnx)

5. 横向聚类图

# 纵向聚类
dagn  <- as.dendrogram(as.hclust(agnx))
plot(dagn, horiz = TRUE, center = TRUE,
     nodePar = list(lab.cex = 0.6, lab.col = "forest green", pch = NA))

6. 拓展：家系划分

关于拓展，你有什么想到的呢？

如果根据系谱，构建A矩阵，然后将相关的个体提取出来，划分家系，这不就是聚类分析灵活的例子么？

如果根据基因组信息，构建G矩阵或者H矩阵，然后将感兴趣的个体提取出来，划分家系，指导育种选配，不也是一个方向么？

然后题目就构成了：如何利用系谱信息进行家系划分并可视化