专栏首页育种数据分析之放飞自我如何利用系谱进行家系划分并可视化?

如何利用系谱进行家系划分并可视化?

概念定义共祖系数:共祖系数为概率fAB,表示一个来自个体A,另一个来自个体B的两个同源基因(或等位基因)在系谱上是一致或相同的概率,也就是说来自同一祖先基因的概率,

相关系数: 是2倍的共祖系数

近交系数: 近交系数(inbreeding coefficient)是指根据近亲交配的世代数,将基因的纯化程度用百分数来表示即为近交系数,也指个体由于近交而造成异质基因减少时,同质基因或纯合子所占的百分比也叫近交系数,个体中两个亲本的共祖系数。

如果系谱构建好的A矩阵,如何进行家系划分呢?

1. 数据格式:矩阵

包括行号和列号

2. 热点图+聚类

# 热点图
heatmap(Amat)

3. 纵向聚类图1

# 横向聚类1
library(amap)
clu <- hclusterpar(Amat)
plot(clu,sub="",hang = -1,xlab = NA,ylab = NA,main = NA)

4. 纵向聚类图2

# 横向聚类
library(cluster)
agnx <- agnes(Amat,method = "complete")
pltree(agnx)

5. 横向聚类图

# 纵向聚类
dagn  <- as.dendrogram(as.hclust(agnx))
plot(dagn, horiz = TRUE, center = TRUE,
     nodePar = list(lab.cex = 0.6, lab.col = "forest green", pch = NA))

6. 拓展:家系划分

关于拓展,你有什么想到的呢?

如果根据系谱,构建A矩阵,然后将相关的个体提取出来,划分家系,这不就是聚类分析灵活的例子么?

如果根据基因组信息,构建G矩阵或者H矩阵,然后将感兴趣的个体提取出来,划分家系,指导育种选配,不也是一个方向么?

然后题目就构成了:如何利用系谱信息进行家系划分并可视化

本文分享自微信公众号 - 育种数据分析之放飞自我(R-breeding),作者:邓飞

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2020-07-02

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

  • 如何使用Tassel 做GWAS 说明文档

    之前写的Tassel说明文档,虽然我都是使用命令行相关的软件,但是我发现,Linux,命令行对大多数人还是可望而不可即,分享一篇我做的说明文档,用示例数据,一步...

    邓飞
  • 如何使用TASSEL l 做GWAS 说明文档

    之前写的Tassel说明文档,虽然我都是使用命令行相关的软件,但是我发现,Linux,命令行对大多数人还是可望而不可即,分享一篇我做的说明文档,用示例数据,一步...

    邓飞
  • 笔记 | GWAS 操作流程4-4:LM模型+数值+因子协变量

    GWAS分析时,无论是一般线性模型,还是广义线性模型,都要对协变量进行处理。数值类型的协变量(比如初生重数值协变量,PCA的值)直接加进去,因子协变量(比如不同...

    邓飞
  • CCAI 2017 | 中国工程院院士李德毅:L3的挑战与量产

    中国工程院院士、中国人工智能学会理事长李德毅 文/CSDN睢岭 7 月 22 - 23 日,在中国科学技术协会、中国科学院的指导下,由中国人工智能学会、阿里巴巴...

    AI科技大本营
  • 主从同步中的关键技术解析

    主从同步的整体思路不外乎“数据镜像(image) + 流水(binlog)”,但是仔细考虑,会有一些值得思考的细节问题,看看你是否考虑过?

    郝阳
  • 【友盟+】CMO秦雯:从典型案例看大数据应用发展

    <数据猿导读> 2016中国互联网大会全域大数据应用论坛于6月21日在北京国际会议中心举行。【友盟+】CMO秦雯从“2016年度最具创新的大数据应用案例”出发,...

    数据猿
  • 数字冰雹创始人邓潇:大数据产业生态逐步成熟,服务厂商各有所专

    数据猿导读 从数据交易、数据集成,到文本挖掘、算法模型、人工智能,再到数据可视化,每个细分领域都涌现出了一些专业的公司,大数据产业生态布局逐渐成熟。如同数字冰雹...

    数据猿
  • Python Web学习笔记之并发编程的孤儿进程与僵尸进程

    Jetpropelledsnake21
  • 云会让渠道和解决方案供应商过时吗?

    不论渠道公司是否接受,云就在那里。对云视而不见的解决方案供应商会走向困境。拥抱云不会是坦途,但如果要不掉队,渠道和解决方案供应商就要投身进去。 许多解决方案提供...

    静一
  • 使用nginx反向代理获取百度MP3的真实网址

    在没有自己的音乐搜索引擎的时候,却又想让用户可以较为方便的在自己的网站上搜索网络歌曲,在这里使用的是百度的MP3~

    meteoric

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券