什么是sam/bam文件中的"Proper Pair"?

比对完之后，看了一下有的reads的Bitwise Flag是81和161，用samtools查了一下这两个flags：

samtools flags 81
samtools flags 161

得到81是PAIRED，REVERSE，READ1；161是PAIRED，MREVERSE，READ2。

与99/147和83/163比较发现，这一对reads没有PROPER_PAIR。所以进一步查了一下为什么不是proper pair。

如图所示，这这两种方式的时候，reads是proper paired的，即 forward + read1和reverse + read2； 或者 forward + read2和reverse + read1。我在构建数据的时候，误把reverse的read放到了forward的read的左边了，直接bwa aln的时候就会出错。

构建数据还是有很多细节需要注意。有问题的话可以用BBtools的repair.sh修复，会提示哪条read有问题。