细胞图谱合集

分享是一种态度

作者 | 周运来

男，

一个长大了才会遇到的帅哥，

稳健，潇洒，大方，靠谱。

一段生信缘，一棵技能树，

一枚大型测序工厂的螺丝钉，

一个随机森林中提灯觅食的津门旅客。

随着单细胞技术的成熟，单细胞数据也在日益增长，这将为单细胞数据科学奠定数据基础。在不远的将来，单细胞数据挖掘也将成为生命科学的基础设施。只是在2020年的今天，大量的细胞图谱还处在原始的数据积累阶段，还没有像TCGA 数据库那样成熟。这就像远处的晨曦闪着的微光，早起的人总会不由自主地驻足观望。

要做数据挖掘，第一条肯定是要有数据，好在这些图谱的数据都是比较方便下载的。一般是csv，loom, cellranger 输出矩阵格式的，下载来直接用我们熟悉的单细胞工具就可以做了。

今天，你们家运来哥哥就带你看看现阶段人类已经构建的细胞图谱，走吧~

人类细胞图谱计划：

https://www.humancellatlas.org/

人类肺细胞图谱

https://hlca.ds.czbiohub.org/

人类细胞图谱（Human Cell Landscape）

https://db.cngb.org/HCL/

人类蛋白质图谱

https://www.proteinatlas.org/

小鼠细胞图谱

http://bis.zju.edu.cn/MCA/index.html

肠道细胞图谱

https://www.gutcellatlas.helmsleytrust.org/ https://www.gutcellatlas.org/

人类肾脏细胞图谱

https://www.kidneycellatlas.org/

COVID-19 Cell Atlas

https://www.covid19cellatlas.org/

看了这么多细胞图谱，我们也许会反问自己：到底什么是细胞图谱？