基于实验的lncRNA功能汇总数据库

目前大部分lncRNA相关的数据库都是依赖高通量测序，而今天我们介绍的这个数据库以实验验证为基础，收集2016年5月1日前的所有lncRNA实验数据，并整合了lncRNAdb, LncRANDisease, Lnc2Cancer 和 PLNIncRBase 三个lncRNA数据库的结果，当前版本包含来自77个物种的1543个lncRNAs，是目前为止最全面的有实验结果支持的lncRNA数据库，EVLncRNAs（http://biophy.dzu.edu.cn/EVLncRNAs/）。

首先我们进入主界面，数据库支持从lncRNA检索和功能两个方面检索，其中功能又分为疾病，lncRNA相互作用以及编码蛋白质能力。该数据库又将两个经典lncRNA（XIst和MALAT1）单独列出。以下我们按照每个检索方式进行解释。

一． 按照lncRNA检索

无论按照哪种方式进入都可以进入classification的界面，如果按照lncRNA方式检索，在species处选择物种，以Human-lncRNA CPS1-IT1为例，主要分为3部分信息：lncRNA基本信息，在哪些疾病中有研究以及和哪些基因存在相互作用。

二．按照疾病检索

分为肿瘤和其他类型疾病，以结肠癌为例，点击进入后可以看到全部结肠癌中经过实验证实相关的lncRNA，包括实验方法，样本类型，lncRNA表达情况以及相关文献。

三.按照编码蛋白检索

目前数据库中仅收录了很少能够翻译成肽段的lncRNA，其中人类只有3个lncRNA（MRLN,DWORF和APELA）。

尽管数据库中涉及的lncRNA并没有很多，但是能够以实验为支持，能够为同学们提供一些信息。

写在最后

以上就是这个数据的基本内容了。由于是基于实验来构建的数据库。所以可能一些新的lncRNA的功能什么的还是需要预测的。所以如果是可以通过这个数据库来看自己的目标lncRNA老不老。要是老的话，那这个数据库也就肯定包括了。