选择性多聚腺苷酸化系列帖介绍

系列帖的由来

最近一直是在总结核酸研究杂志2019发表的数据库（关于这个他们杂志专门发了一个总结文献，感兴趣的可以去看看，PMID: 31906604，如果懒得自己看，可以每天看一下我们公众号就行），其中就有一个数据库是 APAatalas。

由于对 APA 不是很了解，所以就查了一下相关文献，结果一查发现，这个东西很新呀，其中和 TCGA 相关最近还发了两篇文章，那就说明可以继续利用 TCGA 来进行进一步的研究和发文章了，所以可以详细的查一下。后来发现这个属于3‘UTR的一个东西，但是对于3'UTR吧，了解的也不是很深，然后又查了查3'UTR，所以就正常有了那么一个关于3'UTR的综述了。

系列贴汇总

由于 APA 事件其实就是 3'UTR 区 PolyA 尾的选择性形成，进而导致了一个基因虽然编码的蛋白相同，但是其 3'UTR 区域的长度不同。现在研究也发现不同长度的3'UTR可以发挥不同的功能。所以对于3‘UTR的功能的总结，就有了下面这个综述翻译的帖子。3'UTR是做什么的？

在综述当中提到 3'UTR 当中具有一个富AU元件，这个对于3'UTR的功能有很大的影响，所以就有了关于富AU元件查找的数据库介绍：AU富集区域查找

另外在综述当中，提到了两个来查询物种 PolyA 具体位点的查询的数据库，所以对这两个数据库进行了简单的介绍:基因PolyA预测

如果是只是以上这两个数据库的话，那么就只能在基础实验研究当中我们去查找相关的区域来进行实验了，为什么还要花这么久的时间来介绍，主要还是因为有人利用TCGA 的测序数据，然后发明了一个算法来评价 TCGA 当中 APA 事件的发生了。这样的话，那我们就可以利用 APA 事件和 TCGA 很多的数据来进行交叉分析了，这样就可以进一步的扩大数据分析的比重了。

所以就有了最原始的 TCGA 肿瘤的 APA 事件评价：TC3A 以及正常组织当中的APA事件评价：APAatalas。以及另外有人用TC3A的数据和TCGA SNP的数据来进行交叉分析的数据库：SNP2APA。

对于利用 TCGA 以及 GTEx 这些公共数据挖掘 APA 事件的文献，目前有的也就两篇，对于这两篇，一篇是基于泛癌的基本分析，另外一篇则是基于某一个肿瘤的具体分析。所以对这两个文献也做了简单的文献抄读。

生信新思路：泛癌多聚腺苷酸化文献介绍

生信新思路：单一肿瘤多聚腺苷酸化文献介绍

絮絮叨叨

之前在介绍 TC3A 的时候就一直拿可变剪切这个来进行类比，主要还是挺一致的。之前可变剪切数据库出来的时候，也是大家用这个数据库的数据再结合TCGA其他现成的数据来进行交叉进而发了一些文章。现在这个APA出来之后，其实也是一样的。比如你看这些可变剪切的题目，我们把题目当中的可变剪切事件换成APA事件。是不是也不违和。

东西都放这里了，能不能写出来文章就靠自己了。如果是收到我们的启发，记得在文章里面感谢一下呀，好让我们也有些的成就感。