circlize画热图
circlize画热图
生信编程日常
发布于 2020-07-14 15:43:58
发布于 2020-07-14 15:43:58
circlize软件包从0.4.10版本开始，可以使用circos.heatmap()，画圆形热图，圆形热图不但漂亮，而且可以缩小图片占用的面积。circos.heatmap()功能 大大简化了环状热图的创建。下面是circos.heatmap()功能的用法。
首先，我们生成一个随机矩阵并将其随机分为五个组。
set.seed(123)
mat1 = rbind(cbind(matrix(rnorm(50*5, mean = 1), nr = 50),
matrix(rnorm(50*5, mean = -1), nr = 50)),
cbind(matrix(rnorm(50*5, mean = -1), nr = 50),
matrix(rnorm(50*5, mean = 1), nr = 50))
)
rownames(mat1) = paste0("R", 1:100)
colnames(mat1) = paste0("C", 1:10)
mat1 = mat1[sample(100, 100), ] # randomly permute rows
split = sample(letters[1:5], 100, replace = TRUE)
split = factor(split, levels = letters[1:5])head(mat1)
library(ComplexHeatmap)
Heatmap(mat1, row_split = split)
library(circlize) # >= 0.4.10
col_fun1 = colorRamp2(c(-2, 0, 2), c("blue", "white", "red"))
circos.heatmap(mat1, split = split, col = col_fun1)
circos.clear()circlize更多功能：https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/circos-heatmap.html#a-complex-example-of-circular-heatmaps
本文参与 腾讯云自媒体分享计划，分享自作者个人站点/博客。
如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
评论
登录后参与评论
推荐阅读
相关产品与服务
对象存储
对象存储（Cloud Object Storage，COS）是由腾讯云推出的无目录层次结构、无数据格式限制，可容纳海量数据且支持 HTTP/HTTPS 协议访问的分布式存储服务。腾讯云 COS 的存储桶空间无容量上限，无需分区管理，适用于 CDN 数据分发、数据万象处理或大数据计算与分析的数据湖等多种场景。