TISIDB做免疫浸润分析（临床意义）

众所周知，免疫系统在肿瘤发展和治疗反应中都起着至关重要的作用，肿瘤的免疫治疗已经获得诺贝奖。而随着高通量测序和大数据时代的到来，肿瘤的免疫特征进行综合分析越来越成为可能。

TISIDB (an integrated repository portal for tumor-immune system interactions）是一个肿瘤免疫相关数据的数据库。首先，概述库囊括2530种出版物中的4176条记录，记录了988个与抗肿瘤免疫相关的基因。其次，高通量筛选和基因组图谱数据结合分析与T细胞杀伤或免疫治疗相关的基因。此外，针对30种肿瘤，预先计算基因与免疫功能（例如淋巴细胞，免疫调节剂和趋化因子）之间的相关性。

该网站设定CD47为例子，点击网址进入后，呈现如下。

点击submit，显示搜索结果。

点击蓝色CD47，进入免疫特征的界面。

• Function
• Literature
• Screening
• Immunotherapy
• Lymphocyte
• Immunomodulator
• Chemokine
• Subtype
• Clinical
• Drug

每个都可以点击进去查阅相关资料。那么，我们在做生信论文的时候，该如何使用数据库中的数据呢？这就需要对特定的肿瘤有深入的了解，然后根据具体的需要，呈现在论文中。比如，在思路36的介绍中，作者关心肿瘤浸润淋巴细胞的特征，就可以点击进入Lymphocyte。结果展示如下。

做出类似的数据图，再进行肿瘤浸润淋巴细胞特征的分析，其实也是很惊艳的。注意，肿瘤免疫分析是以兴趣基因为前提的。这跟我们一直提倡的生信套路正好是吻合的。对于免疫分析，除了TISIDB数据库，最常用的还有TIMER数据库。可以这两种数据库结合起来使用，对免疫浸润做充分的分析；也在设定免疫细胞存在与否的条件下，用km plotter数据库对肿瘤的存活率进行深度分析，巧妙地把TIMER和km plotter数据库结合起来，无缝衔接。

这两种思路都非常赞！值得学习！