众所周知,免疫系统在肿瘤发展和治疗反应中都起着至关重要的作用,肿瘤的免疫治疗已经获得诺贝奖。而随着高通量测序和大数据时代的到来,肿瘤的免疫特征进行综合分析越来越成为可能。
TISIDB (an integrated repository portal for tumor-immune system interactions)是一个肿瘤免疫相关数据的数据库。首先,概述库囊括2530种出版物中的4176条记录,记录了988个与抗肿瘤免疫相关的基因。其次,高通量筛选和基因组图谱数据结合分析与T细胞杀伤或免疫治疗相关的基因。此外,针对30种肿瘤,预先计算基因与免疫功能(例如淋巴细胞,免疫调节剂和趋化因子)之间的相关性。
该网站设定CD47为例子,点击网址进入后,呈现如下。
点击submit,显示搜索结果。
点击蓝色CD47,进入免疫特征的界面。
每个都可以点击进去查阅相关资料。那么,我们在做生信论文的时候,该如何使用数据库中的数据呢?这就需要对特定的肿瘤有深入的了解,然后根据具体的需要,呈现在论文中。比如,在思路36的介绍中,作者关心肿瘤浸润淋巴细胞的特征,就可以点击进入Lymphocyte。结果展示如下。
做出类似的数据图,再进行肿瘤浸润淋巴细胞特征的分析,其实也是很惊艳的。注意,肿瘤免疫分析是以兴趣基因为前提的。这跟我们一直提倡的生信套路正好是吻合的。对于免疫分析,除了TISIDB数据库,最常用的还有TIMER数据库。可以这两种数据库结合起来使用,对免疫浸润做充分的分析;也在设定免疫细胞存在与否的条件下,用km plotter数据库对肿瘤的存活率进行深度分析,巧妙地把TIMER和km plotter数据库结合起来,无缝衔接。
这两种思路都非常赞!值得学习!