肠道菌群数据库

写在前面

肠道菌群在最近的几年也开始成为了我们的研究热点。对于肠道菌群的研究,基本上就是先通过宏基因组测序来分析不同分组之间的肠道菌群的变化。之前刚开始研究的时候,都是自己测序自己分析的数据。随着研究进程的延长以及相关文章的发表。一些其他团队发表测序的结果也会逐渐的公开到网上。由于数据的增多,所以也就可以拿网上的数据来进行汇总分析了。这个就有了我们今天要介绍的这个数据库:gutMEGA(http://gutmega.omicsbio.info/)

数据库基本使用

对于数据的的使用而言,和其他的检索类型的数据库差不多。基本上就是包括两个使用方式:(i)定向检索;(ii)数据库所包含数据预览

(i) 定向检索

在定向检索当中,我们只需要输入我们想要检索的菌群即可。如果想要添加分组条件也可以输入想要检索的疾病。点击 SEARCH。即可获得想要检索的结果。检索结果是以表格的形式呈现的。

对于每一个数据集的详细结果,我们可以点击 Detail来进行查看。

(ii) 数据库数据浏览

如果我们不知道要检索什么信息,这个时候就可以在 BROWSE当中进行数据的预览的查看了。我们可以查看的内容包括: 菌群的分类以及分组的信息两种。

写到最后

基本上数据库的使用就这些。最后的话,数据库提供了所有数据下载的链接。我们可以在 Download当中下载所有的数据信息。里面包括了所有分析的结果以及纳入的数据集的信息。这样我们就可以进行自己的自定义检索了。

本文分享自微信公众号 - 数据库百科(yxkygjx),作者:匹咔球

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原始发表时间:2020-07-14

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