mirDIP 4.1：寻找miRNA靶基因的神器

Mark Chen

发布于 2020-07-21 18:04:26

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发布于 2020-07-21 18:04:26

近年来科研热点不断涌现，包括转录组、lncRNA、m6A、单细胞测序等等，真让人应接不暇，但有一个研究方向一直以来都未曾真正的失宠，那就是miRNA。根据pubmed统计，2018年共发表miRNA相关论文12761篇，预计2019年也会有12000篇左右。

这么大的一分蛋糕，如何从中分到一块呢？今天给大家介绍一款神器工具——mirDIP 4.1，网站是

http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index_confirm.jsp

这个工具的最厉害之处，就是它整合了很多miRNA靶基因预测工具，可以提高预测结果的可靠性。这个工具也发表在了国际著名期刊《Nucleic Acids Research》上。

下面我给大家介绍下如何使用这个小能手工具。

进入网站后会看到下面的界面，这其中主要关注“Unidirectional search”、“Bidirectional search”、“miRNA-gene matrix”。先和大家解释下这3个选项的功能，“Unidirectional search”每次单向地搜索miRNA的靶基因或者靶向该基因的miRNA；“Bidirectional search”则是在输入的miRNA和基因里搜索、匹配；“miRNA-gene matrix”；“miRNA-gene matrix”部分则是对“Unidirectional search”结果的总结，它可以将搜索到的结果中所有miRNA-gene interaction进行总结。

“Unidirectional search”的使用方法是在“Gene Symbol”框或者“Micro RNA”框输入你想搜索的东西。需要注意的是它们对输入的名称格式都有要求，基因必须是HUGO Gene Symbols，miRNA是hsa-miR-xxx的格式。下面部分还可以设置过滤等级，Minimum Score设置得越高，则过滤标准越严格，得到的结果越少，当然也就越准确啦！另外，搜索的结果可以展示，也可下载不同的格式，取决于你选择“Display”还是“CSV”（逗号分隔符文件）还是“TAB”（制表符分隔文件）。

我们“Unidirectional search”的example中搜索基因为例，并选择“Display”。可以看到如下两部分：

第一部分，是对基因名的校正。提示用户哪些基因名不存在，哪些基因名更新了，哪些基因名没有变，一目了然。

第二部分，则是展示搜索的结果了。Links栏，存放了不同数据库中对该基因的注释信息。Integrated score表示综合多种软件预测结果的情况下，基因与miRNA之间存在interaction的可能性。Number of source则表示支持该interaction的软件数目。Score class表示Integrated score的等级啦。

“Bidirectional search”部分的使用则多了一点点内容。首先在输入的内容上就有所表现，毕竟是双向搜索，需要输入基因and miRNA。格式要求也和上面的一样。

搜索的选项上，除了有上面同样有的confidence class等级和“Display”、“CSV”、“TAB”，source filter则展示了该工具包含的所有预测软件，用户通过点击选择。Number of Sources则表示搜索的结果里至少要有多少个source支持该interaction。

“Bidirectional search”这部分搜索的结果展示方式和解读和上面“Unidirectional search”的基本一样，只多了个“MicroRNAs input verification”对miRNA的名字进行校正和确认。

miRNA-gene matrix部分的搜索方法和上面的一致。在结果展示和解读则不同，以网页的example为例进行搜索，可以看到所有的基因和miRNA都会展示在一个table里，方便用户知道哪条miRNA靶向了多个基因，哪个基因又被哪些miRNA靶向，方便做研究的清楚miRNA与基因间的调控网络关系。