之前,小编讲过Image Pro Plus测量面积和面积比的详细方法。如果你已经学会,并打下基础,就可以开始实战了。
今天,小编将以肝脂肪变为例子,详细说明如何使用IPP定量分析脂滴。
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背景知识
众所周知,缺氧、缺血、中毒、感染时,肝细胞脂肪代谢失衡,细胞会出现不同程度的脂肪变性,中性脂肪会在胞质内堆积。脂质主要是中性脂肪。
镜下可见在变性的肝细胞胞浆内出现大小不一的圆形空泡,初见于核周,以后变大,较密集散布于整个胞浆,严重时可融合为一大空泡,形似脂肪细胞。这些脂滴在病理制片过程中溶解了,所以切片上仅剩残留的脂滴轮廓。在没有做油红O染色之前,出于严谨,我们只能将其诊断为空泡变性。
肝细胞空泡变性最严重的区域常在中央静脉周围。甚至正常动物肝脏的中央静脉周围也可见类似的空泡。
由此可见,肝细胞空泡变时,胞浆中空泡大小及所占据的面积是评价肝细胞损伤的一个重要指标。在传统病理分析中,我们只能通过轻微、轻度、中度和重度分级法评价肝细胞损伤。
文献显示,IPP可测量肝细胞空泡变,但是无法分清这种改变到底是来自中性脂肪还是磷脂。这种情况需要我们结合实际情况具体分析。此外,中央静脉附近肝细胞内的糖原也会对测量造成影响,动物取材前禁食会起到很大帮助。
(引自“Quantitative analysis of histopathological fndings using image processing software” )
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测量前的图形分析
图形分析是整个测量中最重要的一步。专业的医学分析+准确的计算机分析,二者缺一不可。小编打算说详细一点,主要是厘清其中的思维过程。
测量前,一般要进行图像处理,适当的图像分割可以帮助我们对特定区域进行分析。甚至可以说,图像分割的好坏直接影响最终的结果。这些都需要医学知识作为基础。
让我们再来看看需要分析的图像。
思路一:通过IPP吸管工具选定图中空泡,限定待测量的空泡面积范围,尽量将图中所有空泡全部选中,然后测量空泡的面积。
一个重要问题,如何过滤掉中央静脉和肝窦的空白呢?这些空白区域可不是空泡哦,如果不过滤,必然导致结果误差。
思路二:打开IPP软件,设定测量参数的范围,主要是两个。第一个是“Area”,通过限定area的面积范围,来排除中央静脉这块大的空白。第二个是“roundness”,即圆度,限定此参数可将不规则的肝窦空白区排除。如果你想要做的更精细,可以多加一个参数,如增加Size参数,限定空泡大小。
这些参数都需要我们根据切片的具体情况进行调试和设定,直到我们基本达成下面这种效果。你的参数设定越准确,最后选定的脂滴就越精确。
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数据测算
有了以上的分析,后面测算就是非常简单了。其实就是测量这些脂滴的面积。对测量面积不清楚的小伙伴,可查阅往期的内容。
还是一样,打开IPP软件后,选择手动测量,进入如下的界面。图中的3个方框中数值都可以帮助我们筛选图中的空泡。第一个框sensitivity是吸管的敏感度,调高后吸管选取的颜色会更加敏感。第二个方框是降低敏感度的,数值越高,吸管工具选取的颜色范围越大。第三个是通过像素大小来筛选吸管工具选取的颜色,数值越高,筛掉的越多。
选好后,点击close,回到原来的界面,点击count进行计算,导出数据。
至此,一个基本的测量步骤就结束了。不禁感慨,做了油红O染色多好,就没这么多事了,直接测面积就完事了。
总的来说,只要你学会了软件,那么你就可以自己测算很多组织了,因为操作上基本是类似的。例如,使用IPP测量骨折后骨痂、测量软骨板等等,都能做的。这里面,小编个人认为,最重要的一步是对图像的组织病理学分析,这个是需要根据自己的专业来决定。
计算机分析组织样本时,需参考以下原则:
(1)设计在前,测算在后。完善的实验计划、良好的图像采集是后期测算的基础。最忌无头无尾,来源和背景不明的图像,测算是没有意义的。
(2)要防止抽样误差。样本量也要达到标准。
(3)思考组织的结构特征,根据实际情况来决定需要测算的指标。
(4)正确理解你所测算参数的生物学意义。