UCSC-browser学习：创建自己的track hubs

在看paper的时候，经常会有这种图：

这是从UCSC browser上可视化数据然后截图下来的，我们可以将数据传到UCSC上，制作自己的track hubs，然后选择我们想看的区域截图就可以了。

1. Track Hubs的介绍

简单来说，track hubs相当于在UCSC browser上的一个可网络共享的一个基因组可视化工具。

在UCSC的页面选择track hubs，即可进入页面：

在国内一般会提示：

建议选择亚洲区，速度会快很多。

进去后在public hubs中可以看到别人做的hubs：

点connect，就可以看到别人做的hubs了：

在Hub development里可以检查我们创建的hub.txt是否有问题和直接可视化（此处xxx隐藏了部分网址），如果hub.txt中有错误的参数设置、找不到文件等这里会报错：

在My hubs中，贴上自己的hub.txt的url，就可以add进来了：

点击Assemblies下面的mm10即可进入，可以修改position看不同区域的情况：

2. 设置Track Hubs

核心的问题来了，上面的URL怎么得到呢？

首先我们需要创建类似于这样的文件夹： Myhub/ -- genomes.txt -- hub.txt mm10/ -- trackDb.txt --Mydata.bw

在Myhub文件夹下，有genome.txt文件，hub.txt文件和mm10文件夹，mm10下游trackDb.txt文件和我们的基因组文件(bigwig, bed等)。

UCSC上的例子：

genome.txt必须的内容（基因组版本和trackDb.txt的路径）：

genome mm10
trackDb mm10/trackDb.txt

hub.txt的内容（hub的名字；标签；genomes.txt；email；description）：

hub ENCODE_mm10_kallisto
shortLabel kallisto
longLabel kallisto mm10 data
genomesFile genomes.txt
email xxx@xxx.com
descriptionUrl description.txt

（description可以不加，不过在Hub development中check的时候会出现一个warning）

mm10/trackHub.txt的内容（仅展示了一部分）:

track neural-tube_15.5_1_forward
bigDataUrl neural-tube_15.5_1_forward.bw
shortLabel neural-tube 15.5 rep1 forward
longLabel neural-tube 15.5 rep1 forward
type bigWig
visibility full
autoScale on
maxHeightPixels 128:32:11
priority 1
color 255,0,0

其中： bigDataUrl是我们要可视化的文件的名字； type是格式，不仅仅支持bigwig还有bigBed、VCF、BAM等等格式。具体可以参考https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTrackHubHelp.html中的介绍； priority是优先级； color不加默认是黑色，仅支持RGB格式。

然后我们将hub.txt的链接拷贝到UCSC的页面中就可以了。

另外，我们也可以通过链接访问到，比如如下链接： http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg19&hubUrl=http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/ensembl/encode/integration_data_jan2011/hub.txt

db=hg19这里必须改成自己的基因组版本，后面的hubUrl也需要改成自己的。并且，最重要的是，如果我们使用亚洲版本的UCSC创建的hub的话，这个链接前面必须是http://genome-asia.ucsc.edu/，否则显示不出来。

3. 保存自己的hubs

在可视化界面，选择My sessions：

随后会跳转到如下界面，有账号的登录，没账号的需要注册一个：

登录了之后在Save Settings选择submit即可。