所谓的泛癌分析
我们都知道在TCGA数据库当中,包括了33种所有实体肿瘤的测序的结果(如果不知道的话,可以看我们今天的第二条推送哦!)。我们在进行TCGA数据分析的时候,除了可以对单一的癌种进行分析之外。还可以对所有的33种肿瘤进行统一的分析解读,来寻找33种肿瘤当中所存在的共同的特征。这就是我们说到的泛癌分析了。
关于泛癌分析的计划,从2013年就开始了。那个时候就提到了要对TCGA的所有数据来来进行整合的分析。
在2018年的时候,TCGA的相关工作人员在cell旗下的等一系列的高分杂志上发表了27篇相关的相关泛癌分析的文献。当时的那个计划叫做泛癌图谱(Pan-Cancer Atlas)。
再往后系统的泛癌分析接下来就是到了今年的PCAWG了。
所谓PCAWG
泛癌全基因组分析(Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes , PCAWG)是TCGA的相关工作人员,利用TCGA数据当中的WGS(全基因组测序)的数据。对所有肿瘤在DNA水平上的统一的分析。而这次的话,在nature旗下的杂志一次性的发表了17篇文章 (下一次的泛癌文章,会不会发到science旗下呢?)。
对于这次的PCAWG方面的分析,TCGA的工作人员通过主要是通过结构变异、肿瘤进化、突变特征、癌症驱动、基因调控以及相关工具来进行归类的。如果想要了解的可以点击阅读原文来查看所有的相关文献。
在线分析PCAWG的工具
为什么突然要介绍介绍PCAWG呢?这个因为最近在NATURE COMMUNICATIONS上发表了一篇介绍使用和可视化PCAWG数据的文献。在这个文献里面介绍了五个可以用来分析PCAWG的在线数据库。利用这五个数据库我们就可以来自己分析PCAWG的数据了。
在这篇文章里面,同时也对这五个数据库的功能进行了一下简单的汇总。通过下面表格的汇总,通过?的表格看出
今天就做一个引子简单的介绍一下关于PCAWG的事情。明天开始我们就开始一个一个介绍这几个数据库的使用吧!