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TCGA泛癌全基因组分析(PCAWG)介绍

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医学数据库百科
发布2020-07-23 18:15:15
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发布2020-07-23 18:15:15
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所谓的泛癌分析

我们都知道在TCGA数据库当中,包括了33种所有实体肿瘤的测序的结果(如果不知道的话,可以看我们今天的第二条推送哦!)。我们在进行TCGA数据分析的时候,除了可以对单一的癌种进行分析之外。还可以对所有的33种肿瘤进行统一的分析解读,来寻找33种肿瘤当中所存在的共同的特征。这就是我们说到的泛癌分析了。

关于泛癌分析的计划,从2013年就开始了。那个时候就提到了要对TCGA的所有数据来来进行整合的分析。

在2018年的时候,TCGA的相关工作人员在cell旗下的等一系列的高分杂志上发表了27篇相关的相关泛癌分析的文献。当时的那个计划叫做泛癌图谱(Pan-Cancer Atlas)。

再往后系统的泛癌分析接下来就是到了今年的PCAWG了。

所谓PCAWG

泛癌全基因组分析(Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes , PCAWG)是TCGA的相关工作人员,利用TCGA数据当中的WGS(全基因组测序)的数据。对所有肿瘤在DNA水平上的统一的分析。而这次的话,在nature旗下的杂志一次性的发表了17篇文章 (下一次的泛癌文章,会不会发到science旗下呢?)。

对于这次的PCAWG方面的分析,TCGA的工作人员通过主要是通过结构变异肿瘤进化突变特征癌症驱动基因调控以及相关工具来进行归类的。如果想要了解的可以点击阅读原文来查看所有的相关文献。

在线分析PCAWG的工具

为什么突然要介绍介绍PCAWG呢?这个因为最近在NATURE COMMUNICATIONS上发表了一篇介绍使用和可视化PCAWG数据的文献。在这个文献里面介绍了五个可以用来分析PCAWG的在线数据库。利用这五个数据库我们就可以来自己分析PCAWG的数据了。

在这篇文章里面,同时也对这五个数据库的功能进行了一下简单的汇总。通过下面表格的汇总,通过?的表格看出

  • 数据检索方面,ICGC和UCSC XENA可以满足所有的检索方式
  • 数据可视化方面,每个数据库的功能则各有不同。
  • 数据分析方面,PCAWG Scout可以进行所有其他数据库进行的分析
  • 数据下载方面,尤其是最原始的BAM数据的下载ICGC数据库是可以的,别的都不行。

今天就做一个引子简单的介绍一下关于PCAWG的事情。明天开始我们就开始一个一个介绍这几个数据库的使用吧!

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原始发表:2020-07-22,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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