「R」UCSCXenaShiny：基于 R 的 Xena 数据库交互应用

❝一句话简介：一个可以用于探索、下载和简单分析 UCSC Xena data hubs 上所有数据集的 R Shiny 交互式应用。❞

项目地址：https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny[1]

可以单独作为 R 包下载和使用，目前主要开发了数据集的下载和单基因的分析功能，很多都还需要完善和增加，欢迎在 https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny/issues[2] 提供反馈和建议。

主界面：

数据集的选择、查看和下载：

一些单基因分析模块：包括泛癌表达、生存分析、Cox分析等

接着看下目前6位参与的开发人员，如果没有他们就没有这个工具的存在啦。

该工具是 Openbiox 社区的项目之一，最近 Openbiox 社区推出了便捷的可视化和科研分析平台 Hiplot（知乎有介绍文章 https://zhuanlan.zhihu.com/p/161098733[3]），UCSCXenaShiny 作为高级功能模块之一。

目前该平台正在内测，如果你不想要安装 R 包，又想要尝试一下 UCSCXenaShiny，欢迎注册

最后，如果这个工具能够帮助到你的科研工作，记得引用一下我们的预印本：

❝Wang, S.; Xiong, Y.; Gu, K.; Zhao, L.; Li, Y.; Zhao, F.; Li, X.; Liu, X. UCSCXenaShiny: An R Package for Exploring and Analyzing UCSC Xena Public Datasets in Web Browser. Preprints 2020, 2020070179 (doi: 10.20944/preprints202007.0179.v1).❞

References

[1]https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny: https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny

[2]https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny/issues: https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny/issues

[3]https://zhuanlan.zhihu.com/p/161098733: https://zhuanlan.zhihu.com/p/161098733