关于Dalton的使用,出现问题建议多查看手册和官方论坛:
http://forum.daltonprogram.org/
注册验证:它用的是一些计算化学方法填空的方式进行验证的。coupled后面cluster;configuration后面填interaction;Møller后面填plesset。
关于荧光和磷光的计算,beefly老师在计算化学公社上有一个详细的教程:
http://bbs.keinsci.com/thread-2455-1-1.html
大家可以参考。本文展示笔者所做的一个示例以及相关的一些讨论。
文件的输入,一般使用.mol和.dal两个文件,以下分别说明如何设置这两个文件。
一、.mol文件——坐标文件
1. 输入原子坐标及使用的基组,使用的赝势基组须在Dalton手册中仔细对照,切不可想当然的输入;
2. Dalton的默认长度单位是bohr,我们使用的是一个小脚本将高斯输出坐标转换为Dalton坐标,也可以使用openbabel转换。
以下为示例:
ATOMBASIS
Using the mixed basis
Name
Atomtypes=5 Nosymmetry Charge=0
Charge=78 Atoms=1 Basis=ecp-sdd-DZ ECP=ecp-sdd-DZ
Pt1 1.404217 1.558459 0.403980
Charge=6 Atoms=27 Basis=6-31G**
C1 -8.810181 -7.279769 -2.296690
C2 -6.444497 -8.443568 -2.704491
C3 -4.201458 -7.289719 -2.010537
C4 -4.342966 -4.899561 -0.885844
C5 -6.715953 -3.681625 -0.511555
C6 -8.959580 -4.905561 -1.221589
...
限于篇幅,以上输入文件中未将所有坐标列出。分子的结构如下:
二、.dal文件——输入执行命令
**DALTON INPUT
.RUN RESPONS
我们先介绍一下隐式溶剂环境模型PCM模型的输入:
给原子定义一个合适的空腔半径:在不知道准确值的时候,直接使用如下命令
*PCM
.SOLVNT
METHYLCL
*PCMCAV
.NEQRSP
计算完后在.out文件中搜SPHERES,就可以看到Dalton的自定义空腔半径。
我们计算的分子一般比较大,必须自定义空腔半径,否则计算无法继续下去:
*PCM
.SOLVNT
METHYLCL
.ICESPH /给特定的非H原子自定义半径
2
.NESFP /确定非H原子的数目
3
.NEQRSP /溶剂对响应计算的非平衡贡献
*PCMCAV
.INA /非H原子的.mol的顺序排列
1 /在.mol文件中的第一个原子
2
7 /在.mol文件中的第七个原子
.RIN
1.7 /第一个原子的自定义半径
1.7
1.5
.AREATS /H原子的空腔半径为0.3
0.3
以下分别介绍与磷光有关的三个过程的输入文件写法:
1. 磷光跃迁偶极矩计算
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
B3LYP /在二次响应计算中目前只能使用B3LYP,CAM-B3LYP
*SCF INPUT
.MAX DIIS ITERATIONS
300
**RESPONSE
*QUADRATIC
.ECPHOS /使用赝势
.APROP /计算偶极矩A,即偶极矩算符
XDIPLEN
.APROP
YDIPLEN
.APROP
ZDIPLEN
.BPROP /即有效电荷自旋轨道算符
X1SPNSCA
.BPROP
Y1SPNSCA
.BPROP
Z1SPNSCA
.ISPABC
0
1 1
.ROOTS /计算的态的数目
1
**END OF INPUT
对第17行的关键词X1SPNSCA,我猜测正是这个关键词使用有效核电荷势,只计算SOC单电子积分,这个和beefly老师的对照使用,检验结果是一样的,但是beefly老师的关键词计算量大。我这个不用计算双电子积分(这个双电子积分无法使用赝势)。
2. T1和S0的旋轨耦合计算
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
B3LYP
*SCF INPUT
.MAX DIIS ITERATIONS
300
**RESPONS
.TRPFLG
*LINEAR /线性响应
.SINGLE RESIDUE /单残是激发态与基态间的计算
.SPIN-O
.PROPRT
X1SPNSCA
.PROPRT
Y1SPNSCA
.PROPRT
Z1SPNSCA
.ROOTS
1
**END OF INPUT
3. Sn和Tn的旋轨耦合计算
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
B3LYP /在二次响应计算中目前只能使用B3LYP,CAM-B3LYP
*SCF
INPUT
.MAX DIIS ITERATIONS
300
**RESPONS
.TRPFLG
*QUADRATIC /二次响应
.DOUBLE
RESIUDE /双残是激发态之间的计算
.PROPRT
X1SPNSCA
.PROPRT
Y1SPNSCA
.PROPRT
Z1SPNSCA
.ISPABC
1 0 1
.ROOTS
10
**END OF INPUT
磷光输出结果
Length gauge / effective charge spin-orbit integrals:
Partial rates (ECSO): X-polarization 0.16950 Transition moment : 1.302E-04
Length gauge / effective charge spin-orbit integrals:
Partial rates (ECSO): Y-polarization 1.91459E-02 Transition moment : 4.375E-05
Length gauge / effective charge spin-orbit integrals:
Partial rates (ECSO): Z-polarization 2.63235E-02 Transition moment : 5.130E-05
Phosphorescence - length gauge / effective charge spin-orbit integrals:
Oscillator strength (/2PI) (ECSO) 1.769113E-10
Dipole strength [a.u.] (ECSO) 2.149131E-08
Dipole strength E-40 [esu**2 cm**2] 1.388441E-03
Total transition rate (ECSO) 7.165600E-02 s-1
Total phosphorescence lifetime (ECSO) 1.395557E+01 s
上面的结果简单清晰明了,一个问题是beefly等认为打印的磷光辐射寿命需要除以3;振子强度需要乘2π。这一点可以参考计算化学公社上beefly老师的帖子。Dalton论坛上也有一定的讨论,大家可以自己把握。