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【科研猫】轻盈的蛋白组学文章怎么发?

作者:科研猫 | 老丁

责编:科研猫 | 依米

蛋白质组学的催生得益于基因组学、生物化学、分析化学、自动化、基于电磁场的精密质谱仪、信号处理、数理统计和计算机科学等多学科的协同发展和进步。近年来,分子医学、大数据和AI的发展,进一步推动了蛋白质组学的发展,使之在精准医疗领域展示出越来越大的应用潜力。

我们知道在生命科学的中心法则中,基因只是遗传编码,在生命活动中真正发挥作用的主要是蛋白质。因此,在《科学》杂志报道人类基因组计划完成的专刊上,华盛顿大学的斯坦利·菲尔茨(Stanley Fields)教授就预言蛋白质组学将很快取代基因组学成为生命科学研究的焦点。

近年来蛋白质组学技术受到了生物和临床研究领域的广泛关注,PubMed中收录的文章数量也呈现逐年递增的趋势,预计2020年蛋白组学的发表研究将突破1.4万篇。相比基因,蛋白分子更为动态和直观,直接的判断疾病的发生和发展。

抛开一些大牛实验室的高精尖蛋白组学研究,一般影响因子3-5分的蛋白质组学文章的套路还是挺简单的。

常见分组包括:突变组VS野生组、健康组VS患病组、不同发育时期或不同疾病发展阶段或不同用药组的组别比较。将选取的样品用iTRAQ等方法进行蛋白定性与定量,找出差异表达蛋白,再经过功能注释(GO、KEGG、COG)、富集分析、聚类分析等基本的生信分析,最后用WB或qRT-PCR等方法进行表达量的验证。

适用杂志:Proteomics、Journal of Proteomics、Proteome Sci或相关专业的IF:2-5分的杂志均可一试。

案例

利用iTRAQ探究两种基因型棉花的耐盐机制

实验中选取了耐盐型和盐敏感型的棉花植株,分别对他们进行盐处理,通过iTRAQ找出了115个差异蛋白,通过生信分析锁定了差异蛋白的功能、参与的通路和相互作用关系,从而分析出可能参与棉花耐盐机制的分子。最后用酶活性测试和qRT-PCR加以验证。

整个实验设计轻盈、便捷、周期短,需要的样品量也不多,申请课题或者正在做相关研究的亲们,可以选择一个比较新颖的角度入手啦~

参考文献:

http://blog.sina.com.cn/s/blog_ab0d4e780102zjnj.html

https://www.sohu.com/a/244527461_307557

http://www.fitgene.com/fuwu/danbaizhizuxue/iTRAQ.html

http://www.beyotime.com/html/Label-free.htm

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5733471/pdf/fpls-08-02113.pdf

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原始发表时间:2020-07-22

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