用好cBioportal数据库（一个高级点的例子）

生信论文的套路

1. ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；
2. 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要；
3. Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；
4. cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）；
5. STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）；
6. TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。

在芒果学习的生信论文中，第28篇生信文章是cBioPortal数据库使用最多，也是用的最好的。

无论是生信论文，还是一般的科研论文，能够解决问题，创新性强和那些针对当前急迫问题的论文都可以发表在相对高水平的期刊上。目前，新冠病毒（严格来说是SARS-CoV-2，新冠病毒更直接易懂，故予以采用）感染是全球性问题，基本上所有的科研网站，从NCBI、HPA数据库，到各知名期刊，都将新冠病毒的研究单独列出，作为优先处理的事情，论文也开绿色通道，快速发表。

我们前面一直在分享基因组学相关知识，比如涉及表观遗传的甲基化，涉及基因组变化的基因突变，还有基因蛋白组学研究等。在生信研究中，甲基化用UALCAN数据库，基因突变可以用cBioPortal数据库。本文提供很好的示范。

探索机制时，用UALCAN数据库分析启动子区域的甲基化变化情况。作者先列出探针（A）,然后展示启动子甲基化降低和增加的肿瘤（B和C）。

补充数据中，作者用cBioPortal数据库对ACE2的基因组学进行深入分析，从突变，融合，扩增和删除等角度分析组学变化，图文并茂。

然后具体分析ACE2在各种肿瘤中的突变情况，并呈现最常见的突变。

墙裂推荐果友们去看看这篇论文。

https://jhoonline.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13045-020-00883-5.