单细胞测序公共数据库（上）

近年来，单细胞转录组测序技术的发展使得解析细胞中每个基因的表达量分布成为可能，同时也产生了大规模的单细胞数据。就小编所知，目前NCBI中的GEO数据库就囊括了大量单细胞测序的数据，但是相对于一些专库专用的数据库来说，其存储相对比较零散。如果需要寻找特定组织或者特定疾病的单细胞数据，还要借助大量的单细胞文献，费时费力。今天小编就“知你所想，予你所求”，为大家介绍几款单细胞测序的数据库。

1、HCA：Human cell atlas

人类细胞图谱(HCA)计划，是一项重大国际科学合作计划，旨在全面解码人体所有细胞的类型、数目、位置、相互关联与分子组成等，构建细胞基因表达等高维数学特性的精细图谱，建成人体发育、生理、病例的完善和精细的参照系，最终建立全息生命信息网络。

HCA的主页如下，现已收录34个组织、295位供体、450,0000个单细胞的测序数据，并在持续更新中。HCA的界面操作简单，用户可以直接在“组织”界面，点击相关组织（如：blood），进入到数据存放界面。该界面以列表形式呈现，主要是数据的一些基本信息（项目名，物种类型，测序平台等）。点击“Export Selected Data”按钮即可下载相应的数据。但是，HCA数据库目前主要聚焦在正常组织，以项目名的形式呈现，用户无法迅速追溯到相关的支持文献。

HCA主页:https://data.humancellatlas.org/

HCA搜索界面

2、Mouse Cell Atlas & tabula-muris

说完了人类细胞组图谱，下面就为大家介绍两款能够获得小鼠单细胞数据的开源数据库。首先是MCA (Mouse Cell Atlas)，该网站的建立是基于2018年浙江大学医学院郭国骥团队发表于Cell上的文章：Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-Seq。该数据库收录了小鼠近50种组织、40,0000细胞的基因表达数据。用户可以直接在网站的首页找到原文数据的下载地址。

https://figshare.com/articles/MCA_DGE_DATA/5435866

MCA主页:http://bis.zju.edu.cn/MCA/index.html

第二款就是tabula-muris，这个网站是由美国斯坦福大学、陈-扎克伯格生物中心（Chan Zuckerberg Biohub）、弗吉尼亚州帕洛阿尔托医疗保健系统和加州大学共同合作组建而成(https://tabula-muris.ds.czbiohub.org/)。该数据库存储了从20种小鼠器官中分离出的10万多个单细胞的数据，用户点击“figshare”按钮即可进入数据下载页面。

tabula-murisa网页

以上两个数据库主要基于两篇已发表的文献搭建而成，主要目的是通过网页版的形式展示文章中的结果，并非以收集并存储多种来源的公共单细胞测序数据为目的。

3、JingleBells and CancerSEA

前面的三个单细胞数据库主要是针对单一物种的正常组织细胞，而JingleBells将单细胞数据划分为免疫和非免疫类，共收录120篇与免疫相关以及182篇非免疫的单细胞文献，且数据库仍在持续更新中。用户在JingleBells上可以直接下载到单细胞数据的BAM文件，但比较可惜的是并非每个数据集的BAM文件都可以下载。

JingleBells主页:http://jinglebells.bgu.ac.il/

癌症细胞的高度异质性对癌症研究构成了重大挑战，而单细胞测序技术的兴起为研究癌症细胞的不同功能状态提供了机会，从而使得癌症的单细胞数据集大量积累。那么这就迫切需要一个专用的资源来储存这些单细胞数据。

哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院肖云团队开发了CancerSEA，第一个专门解析癌症单细胞状态图谱的数据库。该数据库涉及到25种癌症类型的4,1900个癌症细胞的14个功能状态。用户可以点击主页上的“download”按钮进入下载界面，但是在该界面中用户只能下载到单细胞数据集的功能状态配置文件，而原始测序数据用户必须通过GEO accession进入NCBI中下载。此外，该数据库使用的数据集均为2018年7月份之前发表的数据，并未收录最新的高通量单细胞数据。

CancerSEA主页:http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/

CancerSEA下载界面

当然如此火热的单细胞领域不仅仅只有上面几款数据库，偷偷告诉你：其实小编还收藏了其他几款实用的数据库，想get吗？下期敬请期待!

参

考

文

献

1.Han X , Wang R , Zhou Y , et al. Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-Seq. Cell, 2018, 172(5):1091-1107.e17.

2.Tabula Muris Consortium, Overall coordination, Logistical coordination et al. Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris. Nature, Published Online: 03 October 2018, doi:10.1038/s41586-018-0590-4.

3.Nergaon H , Melchior A , Golan N , et al. JingleBells: A Repository of Immune-Related Single-Cell RNA–Sequencing Datasets. Journal of Immunology, 2017, 198(9):3375.

4.Huating Y , Min Y , Guanxiong Z , et al. CancerSEA: a cancer single-cell state atlas. Nucleic Acids Research(D1):D1.