【收藏】23个circRNA数据库网址

circRNA很红，这个大家都知道。尤其是它身上那份高大上的神秘感，引得一众科学家瞬间产生扑倒circRNA的好奇感，并期望能看到该领域中更多不一样的风景。

但眼下circRNA研究的一个巨大挑战就是，有关circRNA的可参考信息不多，怎么往下研究也没有目标。为了让大家早日玩转circRNA，小编推荐给大家23个circRNA数据库，祝大家早日成功！

1. circBase

http://www.circbase.org/

种属信息：收集多个物种的circRNA信息包括人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latCha1)、腔棘鱼。

功能：收录了人类,小鼠等多个物种的环状RNA信息，采用了find_circ软件来预测去核糖体文库中的环状RNA。1、基于序列的搜索；2、通过标识符、基因描述、基因组位置等搜索数据库；3、使用table browser通过设定一组条件来检索一组数据集（用法类似UCSC）；4、以多种形式导出表格；5、导出含基因组序列的FASTA文件

2. CircNet

http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/

种属：人

功能：根据464个样本的转录组数据进行系统分析鉴定而成的数据库，主要包括：新circRNAs的鉴定；整合circRNA-miRNA-mRNA的互作网络；circRNA 亚型的表达水平circRNA亚型的基因组注释；circRNA亚型的序列

3. CircInteractome

https://circinteractome.nia.nih.gov/

种属：种属可谓是很齐全啊，人的，果蝇的等等，以人的种属为主。

功能：这个数据库比较好的一点是集大成之预测了已知的RNA结合蛋白数据集还有风风提到的circbase中的circRNA的结合位点。同时兼容并蓄地利用可以预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点，这就是和我们36策学习得能够对应上了，方便新手入门。在功能方面，除了前面提到的miRNA，还可以预测下游的蛋白结合的可能情况，可进行circRNA分子检索、PCR引物设计、RNA干扰序列设计等操作，对于新手非常友好

4. CIRCpedia

http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/

种属：共有6个种属，包括人、大小鼠、果蝇、斑马鱼，收集了180多个样本的转录组数据，识别到了262782个环状RNA

功能：可以通过物种，细胞系，基因名称或者基因组位置，circpedia中的环状RNA ID进行检索，数据库会给出环状RNA ID来源基因，对应的线性转录本，表达量，外显子的起始和终止位置，细胞系，保守性等信息。并可以用热图或者散点图的形式展现环状RNA在不同组织或者细胞系中的表达量。

5. cRNADb

http://reprod.njmu.edu.cn/cgi-bin/circrnadb/circRNADb.php

种属：人

功能：首个汇总编码蛋白人类环状RNA的数据库。以hsa_circ_07894为例，介绍了具体的单个环状RNA记录中详细的信息。每个记录包括了基本信息和具体信息两部分，基本信息一栏包含了所对应基因的ID号，基因组序列，链特征，基因名称，组织和细胞来源信息等。具体信息一栏包含了该环状RNA的外显子序列和信息，RNA剪接序列长度，环状RNA的序列信息，IRES和ORF对应信息，预测多肽的基本特征，对应的疾病信息及参考文献

6. deepBase

http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/

种属：人、鼠类、果蝇等

功能：这是中山大学推出的一个数据库，该数据库从新一代测序技术数据中注释和鉴定circRNA/miRNA/piRNA等及他们的表达模式，该数据库可以查看circRNA/lncRNA/microRNA/mRNA的表达、物种保守性、功能、注释，还可以下载数据，包含在不同物种不同组织中的表达情况，还强调ceRNA分子网络互作

7. cirbank

http://www.circbank.cn/help.html

种属：人类

功能：circBank对circBase数据库中人类的环状RNA数据加以整理,根据序列信息进行了蛋白编码潜能,miRNA相互作用预测分析,并将所有结果整理成了在线数据库,方便检索和浏览，在circBank数据库中有三种搜索方式：简单快速搜索，通过circRNA信息搜索和通过miRNA信息搜索。用户可以直接在circBank数据库的主页中搜索circRNA，通过该数据库可分析环状RNA蛋白编码潜能，查询与circRNA相关的miRNA的信息，发现miRNA-circRNA相互作用，并且可以下载数据，包括circRNA注释，circRNA序列，circRNA保守性，miRNA-circRNA失活，circRNA修饰，circRNA蛋白编码潜力

8. circRNA Disease

http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/

种属：人

功能：2018首都医科大学的发表在 Cell Death and Disease， 数据库主要通过文献检索circRNA和disease的所有相关研究结果而搭建构成的，收集日期截止于2017年11月份，一共收集了354项研究的分析结果，得到了330种circRNA和48类人类疾病。.分为浏览，下载，提交等不可少的选项，支持疾病，基因名，环状rna名字搜索，结果展示清晰，是一个必不可少的circrna数据库

9. circR2Disease

http://bioinfo.snnu.edu.cn/CircR2Disease/

种属：human、mouse、rat

功能：收录了661个环状RNA,100种疾病,739个环状RNA和疾病之间的关联数据，该个数据库中的记录都是从文献中整理得到的,给出疾病的名称，环状RNA在患病者中的表达趋势，相关文献的pubmed id等信息，主要用于检索环状RNA和疾病之间的关系，circR2Disease还可以构建环状RNA和疾病之间的互作网络

10. MiOncoCirc

https://mioncocirc.github.io/

种属：人

功能：2019发表在 Cell，第一个把circrna和临床症状，疾病联系的数据，超过2000个样本，包含了丰富的circrna，包括原发肿瘤吗，转移肿瘤和稀有的肿瘤。网站构建的很好，数据可下载，可查询。数据非常丰富

11. cir2traits

http://gyanxet-beta.com/circdb/

种属：人类、小鼠和线虫

功能：收集与人类疾病相关的circRNA（除肿瘤外，还包括非肿瘤疾病，如心肌病、阿尔茨海默症、血管发育等），并预测mirnas和人类蛋白质编码基因、lncRNA及cirRNA间的相互作用关系，构建相互作用网络，并对其进行GO分析，此外，还可以将疾病相关的SNPs位点定位到circRNA基因座上。

12. LncRNA Desease 2.0

http://www.rnanut.net/lncrnadisease/

种属：人类（homo sapiens），大鼠（Mus musculus），小鼠（Rattus norvegicus褐家鼠），原鸡（Gallus）

功能：目前有19166条lncRNA信息、823条CirRNAs信息和529种疾病。该数据库建立了已报道的及试验验证过的lncRNA、circleRNA与疾病的相关信息。同时提供ncRNA、mRNA和miRNA之间的调节关系，并将疾病名称映射到疾病本体和医学主题标题，并为每个lncRNA疾病关联提供一个置信分数。目前仍可用，且网速快

13. CSCD数据库

http://gb.whu.edu.cn/CSCD/

种属：CSCD收录了肿瘤特异性的环状RNA, 采用生物信息学手段分析87个肿瘤样本中的circRNA, 并筛选出只在肿瘤患者中表达的环状RNA。

功能：在官网首页,可以根据样本,来源基因，细胞定位对结果进行筛选，检索结果中，每一行为一个circRNA，会给出circRNA来源基因名称，对应的样本名称，所用软件的名称和对应的表达量。对于来源基因，有以下下内容：1. overview。这部分将基因结构进行可视化,矩形区域代表外显子,黑色实线代表内含子,同时用曲线标记环状RNA在来源基因上的位置,用折线代表可变剪切事件。2. Gene这部分给出基因的染色体位置。3. Transcript这部分给出转录本的染色体位置。4.circRNA这部分给出环状RNA的染色体位置，5.Splice这部分给出可变剪切事件的染色体位置。对于环状RNA,详细信息如下：1. overview这部分对环状RNA的结构进行可视化,同时提供了对应的miRNA结合位点,蛋白结合位点,ORF区域的可视化。2. circRNA这部分给出环状RNA的染色体位置。3. MRE代表miRNA的结合位点,采用targetscan软件进行预测。4. RBP代表RNA binding protein,采用HITS_CLIP测序数据得到。5. ORF代表开发阅读框,用于分析circRNA的编码潜能

14. CircFunBase

http://bis.zju.edu.cn/CircFunBaseBlast/

种属：人类（homo sapiens），大鼠（Mus musculus），小鼠（Rattus norvegicus褐家鼠），鸡，猴子，猪、牛、兔以及数十种植物

功能：可以快速查询circleRNA的名字和功能介绍。且是基于qRT-PCR的实验基础上，另外提供了circleRNA在数十种疾病中的表达调控方向，是下调亦或是上调，还可以对fasta序列进行blast。文章发表于2019年，数据库较新，浏览速度快

15. CircAtlas

http://circatlas.biols.ac.cn/

种属：circAtlas包括从六种脊椎动物（人类，猕猴，小鼠，大鼠，猪和鸡）收集的19种正常组织

功能：每种物种中的circRNA使用四种可靠的检测算法进行了识别，包括CIRI2，find_circ，CIRCexplorer2和DCC。使用CIRI-full / CIRI-vis

pipline重建鉴定出的circRNA的全长序列。在全长circRNA中搜索内部核糖体进入位点（IRESs）和ORF，预测其编码潜力。使用多重保守评分（MCS）方案对circRNA的保守性进行表征，估计circRNA在物种、组织和个体三个水平上的保守性。将有关共表达网络、circRNA-miRNA和RBP结合位点的信息结合起来，对circRNA进行全面注释。使用GO和KEGG数据库预测这些circRNA的潜在功能。同时，将circad，circR2Disease和circRNADisease数据库数据整合到circAtlas中，以评估circRNA与各种疾病的相关性

16. BIOINF

http://www.bioinf.com.cn/

(Center of Clinical Laboratory Science, Jiangsu Cancer Hospital)

种属：人、小鼠

功能：circRNA的引物设计

（1）注释环状 RNA 的外显子和内含子构成

（2）图形化注释环状 RNA 序列在亲本基因中的功能

（3）检索 circBase 中的环状 RNA

（4）获得环状 RNA 的剪切序列和基因组序列

（5）辅助设计环状 RNA 背靠背引物

（6）辅助设计环状 RNA 引物跨剪切位点的引物

（7）测验引物的特异性

（8）图形化显示引物在环状 RNA 中的位置

（9）将序列转换为反向互补、反向和互补序列

17. circlncRNAnet

http://app.cgu.edu.tw/circlnc/

种属：人

功能：多达20种肿瘤的基于TCGA的芯片数据，可根据选择“LogFC”“P值”筛选基因。也可以根据基因名查看数据库样品表达信息，制作热图，相关基因共表达散点图，GO注释，KEGG注释，及互作信息（Circos图），生存曲线分析等。也可以DIY自己的芯片数据上传，得到不同的分析图形

18. TSCD (Tissue-specific CircRNA Database)

http://gb.whu.edu.cn/TSCD/

种属：人、小鼠

功能：CircRNA被证明有组织特异性。该数据库提供人和小鼠主要组织中组织特异性circRNA的全局视图，并提供器官发生和疾病进展的新型标志物。该数据库从ENCODE和GEO两个公共数据库中收集人和小鼠不同组织的转录组测序数据然后利用find_circ，CIRI，circRNA_finder来识别其中的环状RNA

19. TRCirc

TRCirc-http://www.licpathway.net/TRCirc/view/index

种属：人

功能：包含了超过100种细胞类型中的92375个环状rna和161个TFs，包括690个统一的TFBS、36个H3K27ac、54个RNA-seq和61个450k数据集。用户可以搜索和浏览circRNAs的TFBSs，以及其他相关信息，针对特定的TFs、细胞系或感兴趣的circRNAs。我们的工具还使研究人员能够轻松下载四类调控区域的TF-circRNA交互作用和其他相关信息。TRCirc有助于发现环状RNA的转录调控机制

20. circRNADb

http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb

种属：人

功能：circRNADb1.0版，是人类环状RNA分子的综合数据库。它可免费用于非商业用途。这个circRNADb的最新版本包含32914个带注释的外显子circRNA，可以作为大规模研究circRNA，特别是人类circRNA的宝贵资源。每条记录都包括基因组位置信息，RNA编辑情况，所对应的基因组序列，IRES序列元件，预测的ORF（Open Reading Frame）以及相关的参考文献。该网站主界面清晰，设计人性化，在Advance Retrieval可以根据基因名称（Gene symbol），PubMed ID及细胞或组织类型等多种检索条件，满足不同查询需求

21. exoRBase

www.exoRBase.org

种属：人

功能：这个外泌体环状 RNA 数据库是由复旦黄胜林教授开发的。exoRBase 数据库共收录了 58330 种 circRNAs， 15501 种 lncRNAs， 18333 种 mRNAs，它们来自 92 份血清外泌体 RNA-seq 测序样本。作者还依据GTEx project 获得组织特异性 RNA 表达特征，分析了相关 RNA分子的组织来源。它可以帮助我们迅速获取来自人血液外泌体的RNA-seq数据分析得到的circRNA，lincRNA以及mRNA的信息。数据库收录的样本包括健康对照者32例，冠状动脉心脏疾病（CHD）6例，结肠癌（CRC）12例，肝细胞癌（HCC）21例，胰腺腺癌（PAAD）14例，乳腺癌2例。数据库提供了多种检索途径，可分别检索circRNA和线性的lncRNA或mRNA，还可以通过标本类型，基因类型，组织表达特异性信息等检索选项进行有针对性的检索。

22. MiOncoCirc

https://nguyenjoshvo.github.io/

种属：人

功能：由密歇根大学开发的由癌症临床样本汇编的环状 rna 数据库。在这个数据库里面可以查询到某个 circRNA 在不同癌症临床样本的表达情况。mionocirc是第一个广泛的临床，以癌症为中心的circRNAs资源。最重要的是，我们的数据库基本上是从临床癌症样本（2000+）中构建的，跨越了大量的疾病部位，而其他资源已经从癌症细胞系中提取了特征。在培养皿中发生的转录过程，以及由此产生的circRNA的形成，与天然的肿瘤微环境相比，无疑会有很大的不同，这使得mionocirc能够更好地代表与癌症相关的真正的circRNA图谱。此外，mionocirc代表了一个丰富的资源，包括原发肿瘤、转移瘤和非常罕见的癌症类型的circrna。感兴趣的研究人员也可以查询突变和拷贝数，因为mionocirc样本是从先前发表的基因组论文中收集的。

23. circRNABase

http://starbase.sysu.edu.cn/starbase2/mirCircRNA.php

种属：人、鼠

功能：该数据库是由中山大学杨建华教授团队开发的，该团队长期研究非编码RNA，开发了知名的非编码RNA功能网络预测工具starBase平台。circRNABase数据库整合了已发表的circRNA和CLIP-Seq数据，网站列出了能够预测到的与CLIP-Seq数据重叠的miRNA-circRNA相互作用，能够用来分析miRNA-circRNA互作，方便用户寻找潜在的microRNA靶标。