R语言入门之R包的安装

R语言是一个强大的数据分析工具,其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。通常来说,R包的安装主要有四种方法,包括:1)从R语言官网上直接下载相关R包并安装;2)从Bioconductor上下载R包并安装;3)从Github上下载R包并安装;4)手动安装R包。其中前三种都是利用代码直接自动化下载并安装,最后一种需要手动下载并安装。接下来我将和大家分享R包的具体安装:

1)首先获取下载的R包的名字,比如下载metafor这个R包,可以先在官网(https://www.r-project.org/)上找到这个包,了解一下这个包的详细内容和使用说明,接下来使用:

install.packages('metafor')

即可顺利安装该R包。

2)如果所要下载的R包不在R语言官网上,那它极有可能在Bioconductor或者Github上,可以先登录Bioconductor官网(http://www.bioconductor.org/)搜索相关R包,比如edgeR这个包,搜索到后先查看其相关用途,再进行如下安装:

install.packages('BiocManager')
library(BiocManager)
install('edgeR')

这里需要注意的是,下载Bioconductor的R包需使用BiocManager包里的install函数。

3)接下来便是安装源自Github(https://github.com/)的R包了,它的步骤和安装源自Bioconductor的R包类似,需要先安装devtools包,然后用devtools包里的install_github函数来进行安装,具体代码如下:

install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github('gertvv/gemtc')

这里需要注意的是,github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名,否则无法进行下载安装。

4)关于手动安装R包,也是使用install.packages()函数,但是一般情况下使用较少,这里暂不叙述,如有问题,可以留言提问。

本文分享自微信公众号 - 生信与临床(cll-15151929371),作者:米老鼠

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原始发表时间:2020-01-12

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