专栏首页生物信息与临床医学专栏R语言入门之工作空间与R包

R语言入门之工作空间与R包

1. 工作空间

R语言的工作空间其实就是你当下R语言的工作环境,它包括任何你已经定义了的对象。当一个R进程结束时,用户可以将当前的工作空间保存下来,在下次启动R时就会自动加载,非常方便省事。R语言是一个交互式界面,上翻和下翻键可以用来查看历史指令。这里我建议大家使用RStudio,因为RStudio提供非常强大的R语言高度可视化操作界面,你可以在RStudio里写R代码,也可以写Python代码,同时可以使用Rmarkdown来写自己的文档。

在R中你可能需要设置自己的工作目录,下面的函数提供查看和切换工作目录的方法:

getwd() # 查看当前工作目录
ls()   # 列出当前工作空间里的对象
setwd(mydirectory)    # 设置工作目录
setwd("c:/docs/mydir")  # 千万注意,Window里R使用/来分隔目录的,不是\
setwd("/usr/rob/mydir")  #Linux下设置工作目录
# 查看和设置进行的选项
help(options) # 了解当前进程中可用的选项
options()     # 查看当前进行设置的选项
options(digits=3) # 设置数字的小数点精确位数为3 
# 查看历史指令
history() # 列出最近使用的25个指令
history(max.show=Inf) # 列出之前所有使用的指令

# 保存你的历史指令
savehistory(file="myfile") # 文件默认会以".Rhistory"结尾

# 调用你的历史指令
loadhistory(file="myfile") # 同样地,文件默认以".Rhistory"结尾
# 将工作空间保存到当前工作目录 
save.image()

# 将当前工作环境下特定的对象保存为文件
# 如果你不指定路径,那默认保存在当前的工作目录
save(object list,file="myfile.RData") 
# 将工作空间加载到当前进程中
# 如果你不指定路径,那默认保存在当前的工作目录
load("myfile.RData") 
q() # 退出R

Windows用户必须注意:

在Windows里,我们的路径通常是这样的c:\mydocuments\myfile.txt,但是这样的路径在R中是错误的,因为R将“\”作为转义符,正确的路径应该是c:\\my documents\\myfile.txt或c:/mydocuments/myfile.txt,这里我推荐使用第二种表达方式,因为它和linux里的形式保持一致。

2. R包

R包是R语言生态系统最为重要的一部分,每天R语言官网上都会更新一些高质量的R包。这些R包一般都集成了一系列用于完成某项工作的函数,我们通过加载R包就可以顺利调用里面的函数,完成后续分析。R包其实和Python的库有点类似,大家可以对比着看,我在以后也会开Python专栏,和大家详细讲解如何在工作中实现R和Python的完美融合。接下来我们看看R包的常见用法:

.libPaths() # 查看R包路径 
(.packages()) # 查看当前进程已经加载的R包
library()   #  查看所以已经安装的R包
install.packages("packages") # 从R官网安装指定的R包
library("packages") # 加载指定的R包

关于R包的寻找和安装,请参考往期内容。

本文分享自微信公众号 - 生信与临床(cll-15151929371),作者:米老鼠

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2020-04-16

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

  • R语言入门之变量重编码与重命名

    在很多时候,我们需要对数据进行分类,比如根据血糖值将患者分成糖尿病组与非糖尿病组,亦或者按照年龄将样本分为老年人,中年人和青年人等等,这些就需要我们对数据进行重...

    生信与临床
  • R语言入门之基本统计量

    R语言是为统计分析而生的,它提供了大量灵活而使用的统计功能,其中最基础的就是一些描述性统计量,主要包括求和、均值、最值、方差、标准差、分位数和范...

    生信与临床
  • R语言入门之数据类型

    (1)矩阵本质上是一个二维数据结构,要求矩阵的每一列长度相同,同时元素类型要求一致,比如都是数值型元素。

    生信与临床
  • MySQL 5.7 vs 8.0,哪个性能更牛?网友吵开了锅!

    测试mysql5.7和mysql8.0 分别在读写、只读、只写模式下不同并发时的性能(tps,qps)

    程序员白楠楠
  • MySQL 5.7 vs 8.0,哪个性能更牛?

    测试mysql5.7和mysql8.0分别在读写,选定,只写模式下不同并发时的性能(tps,qps)

    程序猿DD
  • 解决oracle服务占用内存过高的问题

    通常我们在自己电脑上搭建项目环境时,都免不了要安装Oracle。不管你硬件多强悍,都会发现,Oracle服务一旦启用,内存立马吃紧。笔者内存8G,启动一个VS,...

    浩Coding
  • 深度神经网络(DNN)的正则化

        和普通的机器学习算法一样,DNN也会遇到过拟合的问题,需要考虑泛化,这里我们就对DNN的正则化方法做一个总结。

    刘建平Pinard
  • 干货 | 深度学习之DNN的多种正则化方式

    关键字全网搜索最新排名 【机器学习算法】:排名第一 【机器学习】:排名第二 【Python】:排名第三 【算法】:排名第四 前言 和普通的机器学习算法一样,DN...

    昱良
  • 使用CircleCI2.0持续集成Angular项目

    这种事情完全可以交给CircleCI来处理。 CircleCI的好处(截止当前的政策2019.2):

    mafeifan
  • 审核/审计

    简单来说,就是告诉你“谁什么时候做了什么事情”,通过记录在日志/文件的方式“秋后算账”,进一步确保数据库安全性。 创建和使用审核的一般过程。 1.创建审核并...

    唔仄lo咚锵

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券