1. 工作空间
R语言的工作空间其实就是你当下R语言的工作环境,它包括任何你已经定义了的对象。当一个R进程结束时,用户可以将当前的工作空间保存下来,在下次启动R时就会自动加载,非常方便省事。R语言是一个交互式界面,上翻和下翻键可以用来查看历史指令。这里我建议大家使用RStudio,因为RStudio提供非常强大的R语言高度可视化操作界面,你可以在RStudio里写R代码,也可以写Python代码,同时可以使用Rmarkdown来写自己的文档。
在R中你可能需要设置自己的工作目录,下面的函数提供查看和切换工作目录的方法:
getwd() # 查看当前工作目录 ls() # 列出当前工作空间里的对象 setwd(mydirectory) # 设置工作目录 setwd("c:/docs/mydir") # 千万注意,Window里R使用/来分隔目录的,不是\ setwd("/usr/rob/mydir") #Linux下设置工作目录 # 查看和设置进行的选项 help(options) # 了解当前进程中可用的选项 options() # 查看当前进行设置的选项 options(digits=3) # 设置数字的小数点精确位数为3 # 查看历史指令 history() # 列出最近使用的25个指令 history(max.show=Inf) # 列出之前所有使用的指令 # 保存你的历史指令 savehistory(file="myfile") # 文件默认会以".Rhistory"结尾 # 调用你的历史指令 loadhistory(file="myfile") # 同样地,文件默认以".Rhistory"结尾 # 将工作空间保存到当前工作目录 save.image() # 将当前工作环境下特定的对象保存为文件 # 如果你不指定路径,那默认保存在当前的工作目录 save(object list,file="myfile.RData") # 将工作空间加载到当前进程中 # 如果你不指定路径,那默认保存在当前的工作目录 load("myfile.RData") q() # 退出R
Windows用户必须注意:
在Windows里,我们的路径通常是这样的c:\mydocuments\myfile.txt,但是这样的路径在R中是错误的,因为R将“\”作为转义符,正确的路径应该是c:\\my documents\\myfile.txt或c:/mydocuments/myfile.txt,这里我推荐使用第二种表达方式,因为它和linux里的形式保持一致。
R包是R语言生态系统最为重要的一部分,每天R语言官网上都会更新一些高质量的R包。这些R包一般都集成了一系列用于完成某项工作的函数,我们通过加载R包就可以顺利调用里面的函数,完成后续分析。R包其实和Python的库有点类似,大家可以对比着看,我在以后也会开Python专栏,和大家详细讲解如何在工作中实现R和Python的完美融合。接下来我们看看R包的常见用法:
.libPaths() # 查看R包路径 (.packages()) # 查看当前进程已经加载的R包 library() # 查看所以已经安装的R包 install.packages("packages") # 从R官网安装指定的R包 library("packages") # 加载指定的R包
关于R包的寻找和安装,请参考往期内容。
本文分享自微信公众号 - 生信与临床(cll-15151929371),作者:米老鼠
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原始发表时间:2020-04-16
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