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TCGA数据库中癌症名称缩写

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修改2020-08-06 10:59:50
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TCGA(The Cancer Genome Atlas, 癌症基因组图谱,https://portal.gdc.cancer.gov/)是美国国家癌症研究所(National Cancer Institute)和美国人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)共同监督的一个项目,旨在应用高通量的基因组分析技术,以帮助人们对癌症有个更好的认知,从而提高对于癌症的预防、诊断和治疗能力。

截止2020年1月13日,TCGA里面一共收录了63个癌症相关项目,那么有人不禁要问了,如何获取这63个癌症项目的具体项目编号和名称。今天我们就来聊一聊。

上图就是从TCGA官网截取的,显示目前一共有63个项目。可以点击箭头所指的Projects,获取具体63个癌症项目的名称,如下图所示。

除了从官网直接下载以外,我们也可以用R代码来获取。用到的还是我们前面用来获取临床信息的那个R包,TCGAbiolinks。TCGAbiolinks获取癌症临床信息

代码语言:javascript
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if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)){
    install.packages("BiocManager")
}
BiocManager::install("TCGAbiolinks")
library(TCGAbiolinks)
projects=getGDCprojects()
write.csv(file="projects.csv",cbind(projects[8:9]),row.names=F)

通过这段代码,我们可以将获取到63个项目的信息,保存到本地的projects.csv这个文件中,然后用Excel打开查看。具体信息如下:

id

name

翻译

TCGA-SARC

Sarcoma

肉瘤

TARGET-CCSK

Clear Cell Sarcoma of the Kidney

肾脏的透明细胞肉瘤

TARGET-NBL

Neuroblastoma

神经母细胞瘤

TARGET-AML

Acute Myeloid Leukemia

急性髓性白血病

TCGA-MESO

Mesothelioma

间皮瘤

TCGA-ACC

Adrenocortical Carcinoma

肾上腺皮质癌

TCGA-READ

Rectum Adenocarcinoma

直肠腺癌

TCGA-LGG

Brain Lower Grade Glioma

脑低级脑胶质瘤

BEATAML1.0-CRENOLANIB

Clinical Resistance to Crenolanib in Acute Myeloid Leukemia Due to Diverse Molecular Mechanisms

不同分子机制对急性髓细胞性白血病克诺拉尼的临床耐药性

TCGA-THCA

Thyroid Carcinoma

甲状腺癌

VAREPOP-APOLLO

VA Research Precision Oncology Program

VA研究精密肿瘤学计划

HCMI-CMDC

NCI Cancer Model Development for the Human Cancer Model Initiative

针对人类癌症模型计划的NCI癌症模型开发

TCGA-CHOL

Cholangiocarcinoma

胆管癌

TCGA-KIRC

Kidney Renal Clear Cell Carcinoma

肾肾透明细胞癌

ORGANOID-PANCREATIC

Pancreas Cancer Organoid Profiling

胰腺癌类器官分析

TCGA-BRCA

Breast Invasive Carcinoma

乳腺浸润癌

TCGA-OV

Ovarian Serous Cystadenocarcinoma

卵巢浆液性膀胱腺癌

TCGA-GBM

Glioblastoma Multiforme

胶质母细胞瘤

TCGA-SKCM

Skin Cutaneous Melanoma

皮肤皮肤黑色素瘤

GENIE-VICC

AACR Project GENIE - Contributed by Vanderbilt-Ingram Cancer Center

AACR GENIE项目-由范德比尔特-英格拉姆癌症中心提供

TCGA-DLBC

Lymphoid Neoplasm Diffuse Large B-cell Lymphoma

淋巴样肿瘤弥漫性大B细胞淋巴瘤

CGCI-BLGSP

Burkitt Lymphoma Genome Sequencing Project

Burkitt淋巴瘤基因组测序项目

OHSU-CNL

Philadelphia-Negative Neutrophilic Leukemias (CNL/aCML/MDS/MPNu)

费城阴性嗜中性粒细胞白血病(CNL / aCML / MDS / MPNu)

CPTAC-3

BEATAML1.0-COHORT

Functional Genomic Landscape of Acute Myeloid Leukemia

急性髓性白血病的功能基因组景观

TCGA-KICH

Kidney Chromophobe

肾染色体

TCGA-UVM

Uveal Melanoma

葡萄膜黑色素瘤

TCGA-THYM

Thymoma

胸腺瘤

TCGA-TGCT

Testicular Germ Cell Tumors

睾丸生殖细胞肿瘤

TCGA-LUSC

Lung Squamous Cell Carcinoma

肺鳞状细胞癌

TCGA-PRAD

Prostate Adenocarcinoma

前列腺腺癌

FM-AD

Foundation Medicine Adult Cancer Clinical Dataset (FM-AD)

基础医学成人癌症临床数据集(FM-AD)

TCGA-UCEC

Uterine Corpus Endometrial Carcinoma

子宫体子宫内膜癌

TCGA-LAML

Acute Myeloid Leukemia

急性髓性白血病

TARGET-ALL-P2

Acute Lymphoblastic Leukemia - Phase II

急性淋巴细胞白血病-第二阶段

TCGA-STAD

Stomach Adenocarcinoma

胃腺癌

TARGET-ALL-P3

Acute Lymphoblastic Leukemia - Phase III

急性淋巴细胞白血病-第三阶段

GENIE-DFCI

AACR Project GENIE - Contributed by Dana-Farber Cancer Institute

AACR项目GENIE-由Dana-Farber癌症研究所贡献

GENIE-NKI

AACR Project GENIE - Contributed by Netherlands Cancer Institute

AACR GENIE项目-由荷兰癌症研究所贡献

GENIE-MDA

AACR Project GENIE - Contributed by MD Anderson Cancer Center

AACR GENIE项目-由MD安德森癌症中心提供

GENIE-JHU

AACR Project GENIE - Contributed by Johns Hopkins Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center

AACR项目GENIE-由Johns Hopkins Sidney Kimmel综合癌症中心提供

GENIE-MSK

AACR Project GENIE - Contributed by Memorial Sloan Kettering Cancer Center

AACR GENIE项目-由纪念斯隆·凯特琳癌症中心提供

TCGA-ESCA

Esophageal Carcinoma

食道癌

TCGA-HNSC

Head and Neck Squamous Cell Carcinoma

头颈部鳞状细胞癌

TARGET-OS

Osteosarcoma

骨肉瘤

TARGET-RT

Rhabdoid Tumor

横纹肌瘤

TCGA-LIHC

Liver Hepatocellular Carcinoma

肝肝细胞癌

CTSP-DLBCL1

CTSP Diffuse Large B-Cell Lymphoma (DLBCL) CALGB 50303

CTSP弥漫性大型B细胞淋巴瘤(DLBCL)CALGB 50303

TCGA-COAD

Colon Adenocarcinoma

结肠腺癌

TCGA-LUAD

Lung Adenocarcinoma

肺腺癌

TCGA-CESC

Cervical Squamous Cell Carcinoma and Endocervical Adenocarcinoma

宫颈鳞状细胞癌和宫颈内腺癌

TARGET-WT

High-Risk Wilms Tumor

高危威尔姆斯肿瘤

NCICCR-DLBCL

Genomic Variation in Diffuse Large B Cell Lymphomas

弥漫性大B细胞淋巴瘤的基因组变异

TCGA-PAAD

Pancreatic Adenocarcinoma

胰腺腺癌

MMRF-COMMPASS

Multiple Myeloma CoMMpass Study

多发性骨髓瘤CoMMpass研究

TARGET-ALL-P1

Acute Lymphoblastic Leukemia - Phase I

急性淋巴细胞白血病-I期

CPTAC-2

TCGA-UCS

Uterine Carcinosarcoma

子宫癌肉瘤

TCGA-KIRP

Kidney Renal Papillary Cell Carcinoma

肾肾乳头状细胞癌

TCGA-PCPG

Pheochromocytoma and Paraganglioma

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

TCGA-BLCA

Bladder Urothelial Carcinoma

膀胱尿路上皮癌

GENIE-UHN

AACR Project GENIE - Contributed by Princess Margaret Cancer Centre

AACR GENIE项目-由玛格丽特公主癌症中心提供

GENIE-GRCC

AACR Project GENIE - Contributed by Institut Gustave Roussy‍

AACR GENIE项目-由Institut Gustave Roussy贡献

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