专栏首页生信补给站barplot3d|圣诞节送你一个mutation signature搭建的“乐高”

barplot3d|圣诞节送你一个mutation signature搭建的“乐高”

上次通过deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature !学会了如何利用deconstructSigs-R包进行mutation signature分析。

在文章最后利用每个样本的96种三碱基类型在最后绘制了柱形图,本文利用同样的数据绘制乐高图,下图为文献插图

一 mutation signature分析

快速实现mutation signature分析,得到每个样本的三碱基序列结果,详细参数详见deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature !

library(deconstructSigs)
#查看数据
head(sample.mut.ref)
# Convert to deconstructSigs input
sigs.input <- mut.to.sigs.input(mut.ref = sample.mut.ref,
                               sample.id = "Sample",
                               chr = "chr",
                               pos = "pos",
                               ref = "ref",
                               alt = "alt")

# Determine the signatures contributing to the example sample1
sample_1 = whichSignatures(tumor.ref = sigs.input,
                          signatures.ref = signatures.cosmic,
                          sample.id = 1,
                          contexts.needed = TRUE,
                          tri.counts.method = 'default')

#输出tumor的三碱基序列百分比
sample_1$tumor

二 搭“乐高”

利用上部分得到的三碱基序列比例进行绘制:

需要注意的自己的数据与COSMIC数据的顺序要相同 !

library(barplot3d)
# Read in COSMIC signature probabilities
x=system.file("extdata", "signature_probabilities.txt", package = "barplot3d")
sigdata=read.table(x,header=TRUE,stringsAsFactors = FALSE)
# 输入文件的顺序必须与此一致
cat(sigdata$Somatic_mutation_type,sep="\n")

#使用自己的数据绘制乐高图
legoplot3d(contextdata=sample_1$tumor,labels=FALSE,scalexy=0.03)
#参数调整
legoplot3d(contextdata=sample_1$tumor,labels=FALSE,scalexy=0.01,sixcolors="broad",alpha=0.4)

scalexy:适当调整获得适当缩放的图像;

alpha:柱子的透明度;

sixcolors:默认颜色与Sanger的signature一致,可以设置为原始的Broad Institute颜色,也可以其他6种颜色。

对了,图是3D的,可以自己转,,,

参考资料:

A mutational signature associated with alcohol consumption and prognostically significantly mutated driver genes in esophageal squamous cell carcinoma

https://cran.r-project.org/web/packages/barplot3d/vignettes/barplot3d.html

本文分享自微信公众号 - 生信补给站(Bioinfo_R_Python),作者:生信补给站

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-12-25

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

  • 精心整理(含图PLUS版)|R语言生信分析,可视化

    为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理(PLUS)。建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢!

    西游东行
  • 圣诞节没有下雪?那就让VR带给你一个银装素裹的世界吧~

    VRPinea
  • 圣诞节送11个雷柏V700s合金版机械键盘或千魔幻境G04E高清蓝光VR或高清航拍无人机

    关注我的童鞋,应该知道,我每月都会送礼物给广大童鞋。何况圣诞节来了,不送更不可能了。

    好好学java
  • 节日福利 | 6 个圣诞相关的高质量数据集+算力

    场景描述:又是一年一度的平安夜 + 圣诞节,除了苹果和圣诞树,还有什么新鲜花样吗?为了让 21 世纪 20 年代的最后一个圣诞节有所不同,超神经今天特地给大家带...

    HyperAI超神经
  • AI陪你过圣诞!百首MIDI音乐数据集打造圣诞AI作曲家

    由于Made by AI的创业团队的努力,AI也可以当一回圣诞“作曲家”了。其实Made by AI原本是一家使用机器学习算法进行珠宝设计的创业公司,看来AI已...

    新智元
  • 程序员的圣诞节--送她一颗圣诞树(附源代码)

    昨天是平安夜,今天是12.25号,传说中的圣诞节,好日子真多,相信大家在公司里已经感受到了节日的气氛,非常热闹。但是对于我们码农(程序员、程序猿、程序媛)来说,...

    飞雪无情
  • Python 送你一棵圣诞树

    有人要说了,圣诞节是耶稣诞生的日子,我又不信基督教,有啥好庆祝的。这你就有所不知了,Python 的诞生也跟圣诞节有关:1989 年,那是一个冬天,那年的第一场...

    Crossin先生
  • 圣诞快乐——Keras+树莓派:用深度学习识别圣诞老人

    机器之心
  • 今年圣诞节你可以通过Google地图和智能助理跟踪圣诞老人

    谷歌(Google)的圣诞老人追踪又回来了,感兴趣的用户可以通过谷歌地图和谷歌智能助跟踪圣诞老人,他开始穿越地球,带着礼物和煤炭。

    德顺

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券