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单细胞免疫组库的应用

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发布2020-08-06 14:20:53
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发布2020-08-06 14:20:53
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T细胞和B细胞是适应性免疫应答的重要成分。T细胞表面的TCR(T cell receptor)与MHC分子-抗原肽复合物结合,通过促进吞噬细胞杀灭细胞内的微生物或直接杀伤受感染的细胞来执行细胞免疫功能。

B细胞合成和分泌的抗体,可特异性识别病原微生物的抗原分子,中和病原微生物的传染性,并通过各种效应机制来清除携带抗原分子的病原微生物,执行体液免疫的功能。

T细胞和B细胞分化成熟的过程中,抗原受体基因首先在DNA水平上进行重排,形成可表达TCR和BCR的功能性基因,然后才能表达TCR和BCR,人体内的T细胞和B细胞克隆总数在1012以上,因此,至少可以表达1012种独具识别特征的TCR和BCR(或抗体分子)。且B细胞在受到抗原刺激后,可能发生体细胞高频突变(Somatic hypenmutation,SHM),使得B细胞表达抗体分子具有显著的多样性。

文章解读1

2017年7月,张泽民研究组与彭吉润研究组及欧阳文君研究组深入合作,在《Cell》上发表了一篇题为"Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing"的文章,该文章在单细胞水平对肝癌肿瘤微环境中T淋巴细胞的转录组及T细胞受体(TCR)序列进行了综合分析。绘制肝肿瘤微环境中浸润性T细胞的图谱。

该文章通过TCR测序获得全长TCR序列,得到单个T细胞TCR的α链和β链的配对序列信息。基于TCR数据分析,发现肝癌内存在大量肿瘤组织特异的克隆增生的T细胞,但是这些细胞大多处于耗竭状态,从而揭示了肿瘤细胞逃逸免疫监视的原因。此外,该研究还描绘了初始T细胞向耗竭状态的发展轨迹,并在耗竭性CD8 T细胞亚群中发现了一类FOXP3+抑制性T细胞的存在,提出了耗竭T细胞会进一步发展成抑制性T细胞的潜在发展方向。

文章解读2

2018年8月,凯特琳癌症中心的Dana Pe’er教授在《Cell》上发表了一篇题为"Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment"的文章,该文章通过单细胞转录组测序结合TCR测序,绘制乳腺癌肿瘤微环境中多种免疫细胞表型的单细胞图谱。

该文章通过TCR测序结合单细胞测序,阐明T细胞处于活化的连续状态,T细胞状态是由不同的TCR使用决定的。

后记

通过这些文章我们可以看到,通过单细胞TCR、BCR测序可获得单个细胞TCR、BCR序列信息,结合其他转录组测序数据,能够全面准确的揭示免疫微环境中细胞的多样性及功能状态。辅助临床进行生物标志物发现、肿瘤等疾病疗效预测(如TIL),帮助医生制定更好的临床治疗解决方案。除此之外,近几年来TCR-T在实体瘤的治疗方面取得突破性进展。

一项临床研究结果揭示了HLA-A*2402-restricted MAGE-A4对TCR修饰的T细胞治疗食管癌的疗效。这些经TCR修饰的T细胞可以在体内长时间存在,3例患者的肿瘤最小病灶持续时间超过27个月。

通过单细胞TCR测序,可以快速的获得病人TCR的α和β链,加速构建TCR-T的进程,缩短这一周期。

单细胞免疫组库研究在抗体开发、用药及疫苗评估等方面也有较高的应用价值。例如在抗体开发方面,通过BCR测序可以获得特征性的BCR(Ig)序列,缩短抗体开发的流程;也可以针对某种疾病用药后的外周血样本进行评估,确认药物是否激发免疫反应及其功效。

参考文献

1.Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing. Cell. 2017 Jun 15;169(7):1342-1356

2.Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment. Cell. 2018 Aug 23;174(5):1293-1308.e36

3.T-cell receptor-engineered T cells for cancer treatment: current status and future directions. Protein Cell. 2018 Mar;9(3):254-266

4.Adoptive Transfer of MAGE-A4 T-cell Receptor Gene-Transduced Lymphocytes in Patients with Recurrent Esophageal Cancer. Clin Cancer Res. 2015 May 15;21(10):2268-77

5.Deep sequencing of B cell receptor repertoire. BMB Rep. 2019 Sep;52(9):540-547

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原始发表:2020-05-23,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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