基因相互作用网络string数据库

如果有几十个基因或是蛋白，我想制作一个它们间的互作网络图，是不是特别难？我们这种菜鸟级别的，是不是做不了。答案是否定的，现在主流使用R语言来做，但也有很多在线网站可以完成简单这样的分析，今天就给大家介绍一款比较不错的——String数据库（https://string-db.org/）。

String是蛋白互作数据库，是Search Tool for the Retrieval of Interaction Gene/Proteins的缩写，该数据库中收录了已知和预测的蛋白质/基因间的相互作用关系，十分全面， 同时由于其中收录了预测成分，往往也造成最后的结果假阳性高。考虑到这一点，数据库设置有许多筛选标准，大家可根据自身需求选择。

下面我们以BCAR1为例， 详细为大家展示一下如何利用该数据库制作PPI互作网络图。

一、首先打开String数据库

1 点击Multiple proteins——2 导入数据——3 选择物种——4 点击search。

二、search后，出现如下界面，这一步主要是为了让使用者核实所选基因或蛋白是否正确，然后点击continue。

三、Continue后显示如下界面：

Data Setting 和 View Setting用于参数设置，具体视个人情况而定；

Table/Exports 用于结果输出，1号标记处用于保存图片，2号标记用于保存互作关系的txt文本。

Analysis 用于功能通路富集分析，结果如下图，最后也可输出保存。

最后就可以得到如下图的结果了！