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Linux系统下Anaconda的安装和使用教程

一.Anaconda的安装

去官网下载:https://www.anaconda.com/products/individual

下载到本地后利用FileZilla软件上传到服务器。我这里上传到了/data/bioinfosoftware文件夹下。

然后我们执行下面的命令:

bash ananconda的完整目录

会出现一个协议,和你平时在Windows上安装要勾选接受协议一样,翻页到协议最后,就会让你输入yes/no,当然是yes啦。

按ENTER继续,按CTRL + C 就终止安装啦,当然按ENTER。

再输入一个yes

这样就安装成功啦。

安装完成后,我们还需要对环境变量进行添加,方便我们启动。

无论是哪种内核(版本)的系统,都可以通过修改/etc/profile或者/etc/bashrc的配置信息来达到设置环境变量的目的,在这里我们修改profile文件。

sudo vi /etc/profile

这里sudo是加权限类似root用户进行操作,vi是一种编辑器,我们是root用户,可以不用sudo命令,直接输入:

vi /etc/profile

当然也可以用vim,可以输入:

vim /etc/profile

在文件内容的底部添加下面内容:/root/anaconda3/bin是我们安装软件的地址。

#Anacondaexport 
PATH=$PATH:/root/anaconda3/bin

然后执行下面命令,也就是重新载入配置文件。

source /etc/profile

这时候我们输入conda这个命令试试:

因为我们下载的是Python3的Anaconda,所以我们同时也安装了python3,可以输入python3测试一下。

然后我们大功告成了,有时候可能由于你安装的时候回车有点猛,会导致终端有个(base),可以执行下面命令去除:

conda deactivate

当然,如果你觉得这个base看着也挺舒服的,那可以使用conda activate base增加base。

想永久修改的话,可以通过修改conda的配置来实现永久更改。使用下面命令查看conda的配置情况,如下:

conda config --show

可以发现,之所以会出现base,是因为框中参数auto_activate_base在作妖,即默认启动base,使用 下面命令将auto_activate_base设置为False即可。

conda config --set auto_activate_base False

当然,我们需要重新登录服务器才看得到改为False。

二.conda的使用

有很多的生信软件都可以通过conda安装,省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件,conda一行命令就搞定了。Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。Conda 是为 Python 程序创建的,适用于 Linux,OS X 和Windows,也可以打包和分发其他软件。conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本,miniconda则是精简版(miniconda官网:https://conda.io/miniconda.html),需要啥装啥,有人推荐使用miniconda。根据自己需求吧,生信可能接触最多的2种语言就是R和Python,既然我们装了anaconda,那就先用anaconda

添加频道

这个道理跟家里的电视机是一样一样的,conda就相当于买了一台电视机,但是有电视了不意味着你就能看节目了,你要手动添加频道才能看你想看的电视节目,官方名称叫channel:

conda config --add channels biocondaconda config --add channels conda-forge

通常情况下,上面2个channel已经够使啦,不过我们还可以再加一个r。

conda config --add channels r

如果国内下载慢,想换成清华的镜像,那就执行下面命令。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels

对于生物信息学来说,需要介绍一下Bioconda,是conda上一个分发生物信息的频道。而conda是最初为管理python包而建立的。所以我们添加了bioconda这个channel后,我们就可以安装各种生物信息学相关软件啦。

不过,要通过conda安装软件,首先得确定该软件是否被conda支持。可以通过搜索查询。

 conda search 软件名

也可以从conda网页内查找:http://bioconda.github.io/conda-package_index.html

如果支持,只需输入以下命令即可安装:

conda install 软件名

更新指定软件:

conda update 软件名

卸载指定软件:

conda remove 软件名

我们要安装软件:fastqc,首先我们确定该软件是否支持conda

conda search fastqc

确定有该软件,就可以利用conda安装啦。

conda install fastqc

安装过程中可能需要安装或更新一下相关包,会提示,输入y就行。

安装成功如下:

通常情况下我们需要补上直接在base环境中安装软件的,而是创建一个环境,可能你用R的时候,某些包不适合R版本,所以我们通常会安装几个R的版本。这就给包的管理带来麻烦,我们就可以用conda创建不同环境的R版本。下面我就用R的安装来演示。

和环境相关的命令

conda info --envs # 查看环境
conda create -n R3.5  # 创建名为R3.5的环境
source activate R3.5  
conda list            #查看当前安装的软件
conda install r-base #安装R语言
conda install r-stringi # R包 以 r- 开头 
conda deactivate # 退出当前环境

其他的一些命令:

1. conda --version #查看conda版本,验证是否安装
2. conda update conda #更新至最新版本,也会更新其它相关包
3. conda update --all #更新所有包
4. conda update package_name #更新指定的包
5. conda create -n env_name package_name #创建名为env_name的新环境,并在该环境下安装名为package_name 的包,可以指定新环境的版本号,例如:conda create -n python2 python=python2.7 numpy pandas,创建了python2环境,python版本为2.7,同时还安装了numpy pandas包
6. source activate env_name #切换至env_name环境
7. source deactivate #退出环境
8. conda info -e #显示所有已经创建的环境
9. conda create --name new_env_name --clone old_env_name #复制old_env_name为new_env_name
10. conda remove --name env_name –all #删除环境
11. conda list #查看所有已经安装的包
12. conda install package_name #在当前环境中安装包
13. conda install --name env_name package_name #在指定环境中安装包
14. conda remove -- name env_name package #删除指定环境中的包
15. conda remove package #删除当前环境中的包
16. conda create -n tensorflow_env tensorflow
conda activate tensorflow_env #conda 安装tensorflow的CPU版本
17. conda create -n tensorflow_gpuenv tensorflow-gpu
conda activate tensorflow_gpuenv #conda安装tensorflow的GPU版本
18. conda env remove -n env_name #采用第10条的方法删除环境失败时,可采用这种方法

创建一个环境

conda create -n R

激活环境,并查看该环境下有没有安装软件,当然没有安装啦。

毕竟是我们刚创建的。

source activate R
conda list

我们虽然在R官网指定目前R的最新版本是4.0,不过我们还是要搜索一下。

conda search R

的确有4.0的版本,我们就可以安装4.0的版本啦。安装和上面安装fastqc一样。

conda install r=4.0

参考资料:

【1】https://blog.csdn.net/qq_34288630/article/details/88352101?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-3.nonecase&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-3.nonecase

【2】https://blog.csdn.net/Just_youHG/article/details/104686642/

【3】https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d

【4】https://zhuanlan.zhihu.com/p/67745160

本文分享自微信公众号 - MedBioInfoCloud(MedBioInfoCloud),作者:DoubleHelix

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原始发表时间:2020-08-06

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