CNVseq检测，交付报告只需3~5个自然日
CNV-seq | 查找不明致病元凶的福尔摩斯
CNVs，即拷贝数变异，它不仅与人类的多态性相关。而且，极有可能造成包括生长发育迟缓、行为言语障碍以及神经发育迟缓、自闭症谱系障碍等神经精神疾病在内的各种疾病！！！
有些疾病甚至难以通过常规的检测来准确判断，从而很难对症下药......
这些原因不明、难以判断的疾病，如果通过CNV-seq来检测，那么一切可能将变得容易且精准......
仅就精神分裂症来说，目前已知的就有1q21.1、NRXN1、3q29、15q11.2、15q13.3和22q11.2 处的缺失,以及1q21.1、7q11.23、15q11.2-q13.1、16p13.1和近端16p11.2处的重复这11个CNVs与其相关，通过CNV-seq即可准确的定位到致病CNV，只有确认病因，才能做到有的放矢。
在2018年初，湖南大地同年已经正式启动CNV-seq项目，迄今已完成数千份样本的检测，帮助无数病因不明的患者查找出真正的元凶。
什么是CNV-seq？
CNVseq，即拷贝数变异测序，是一种低深度的全基因组测序，可一次性分析23对染色体非整倍体以及大于100 kb的染色体拷贝数变异，目的是用来筛选符合患者临床的染色体变异。大地同年CNV-seq采用可减少扩增偏好性PCR-free建库方式，其人类全基因组测序单端reads 5M以上，原始数据Q30>85%, 过滤后数据Q30 >90%，全基因组覆盖度>0.1X， 可交付测序原始数据.fastq.gz文件。
CNV-seq适用人群
◎ 不明原因的智力障碍，且伴有面容异常，如眼距宽，耳位低的患者
◎ 部分癫痫患者，怀疑是婴儿痉挛症，或者癫痫伴有智力障碍的患者
◎ 怀疑先天性心脏病的患者
◎ 怀疑威廉姆斯综合征的患者
◎ 怀疑唐氏综合征的患者
◎ 合并累及多个系统疾病，怀疑综合征的患者
◎ 染色体核型正常，但临床表型生育障碍的夫妻
◎ 肿瘤早筛
CNV-seq也适用于产前诊断
◎ 宫内发育迟缓、超声显示异常的胎儿及父母
◎ 夫妻一方患有先天性疾病或遗传性疾病，或有遗传病家族史的人群
◎ 曾经分娩过先天性严重缺陷胎儿的人群
◎ 妊娠早期时接触过可能导致胎儿先天缺陷的物质的人群
◎ 年龄达到或超过35周岁的孕妇
◎ 自然流产、胎停，需要查明原因的
在大地同年做CNV-seq检测的优势
◎ 可检测染色体非整倍体
◎ 全基因组均匀覆盖，可检测大于100Kb的CNV
◎ 数据分析过程中的数据校正（GC校正、基因组唯一比对性数据校正），保证结果的准确
◎ 积累的大量本地化数据库供CNV数据解读
◎ 在低比例嵌合的检测效能更好，可检出大于5%的低比例嵌合
◎ 可与STR结合检测异倍体
◎ 有成熟的WES+CNVseq/高深度WGS方案可供选择
◎ 对样本量要求低，低至10ng的DNA样本都可检测
一个真实的案例
临床信息：女，9岁，核型检测：46,XX,9qh-(25)，临床表现为：先天性智力障碍，生长发育受限。
CNV-seq检测结果：患者在9号染色体q13-q21.13处缺失12.73Mb，在16号染色体q23.3处重复1.51Mb。
结果解释：
(1) seq[hg19]del(9)(q13q21.13)chr9:g.66036412-78769713del
该缺失区域包含FXN、PRKACG、RORB等40个编码蛋白的基因，FXN基因与Friedreich共济失调相关，PRKACG基因与血小板型出血性疾病相关，RORB基因与全身性癫痫相关，TJP2基因与胆汁淤积性肝病以及家族性高胆固醇血症相关；经查询DGV数据库发现该CNV在正常人群中不存在；ClinGen数据库中收录该CNV包含的FXN基因以及TJP2基因的单倍剂量不足证据；Decipher数据库中收录一个包含于该CNV的小CNV(chr9:71031677-76816695)缺失导致行为异常、智力障碍的患者；PubMed 数据库中有文献报道9q13-q21.12处的缺失与认知障碍相关，9q21.11-q21.2处的缺失可导致智力低下、言语延迟、自闭症行为、癫痫病和轻度面部畸形。患者临床表型为先天性智力障碍，生长发育受限，与该缺失区域所包含的致病CNV表型一致。综上所述，该杂合缺失区域极有可能为导致患者临床表型的致病CNV。
(2)seq[hg19]dup(16)(q23.3)chr16:g.82127211-83642130dup
该重复区域包含CDH13、HSD17B2以及MPHOSPH6基因，这3个基因没有明确的与疾病相关。经查询DGV数据库发现该CNV在正常人群中不存在； ClinGen数据库中未收录该CNV包含的基因的剂量敏感性证据；Decipher数据库中未收录包含于该CNV的小CNV致病的患者；PubMed 数据库中未收录与该CNV相关的文献报道。综上所述，该重复为意义未明的CNV。
结果附图：
全基因组结果示意图
9号染色体结果示意图
16号染色体结果示意图
可接受样本
适用范围 | 样本类别 | 样本采集条件及保存运输条件 |
|---|---|---|
临床 | 12周以上孕妇羊水穿刺样品 | 取10~15 mL放入15 mL BD管中，4 ℃保存，冰袋运输 |
胎儿绒毛膜样品或流产物 | PBS或生理盐水将血液冲洗干净，取50 mg(直径1~2 cm)组织，放入15 mL BD管中，4 ℃保存，冰袋运输 | |
新生儿脐带血 | 2~5 mL EDTA抗凝管(紫帽)，4 ℃保存，冰袋运输 | |
儿童或成人全血 | ||
科研 | 肿瘤FFPE样本 | PBS或生理盐水将血液冲洗干净，取50 mg(直径1~2 cm)组织，放入15 mL BD管中，4 ℃保存，冰袋运输 |
植入前胚胎单细胞扩增DNA样本 | 样品量大于1 μg，-20 ℃保存，冰袋运输 | |
孕妇游离DNA样本 | Cell-Free DNA采集管采集采集5~10 mL血液样本，冰袋运输，48 h内送达，分离出血浆、白细胞（部分实验室需要保持）-20℃保存 | |
肿瘤ctDNA样本 | ||
尿液样本 | 采用特制采样包里的10 mL采样管（含保存液）采集10 mL尿液样本，常温保存运输，一周内送达 |
交付周期
郑重承诺：收到样本后3~5个自然日交付报告。长沙本地企业，对于特殊或有科研价值样本可及时（现场）讨论并反馈。
参考文献
1. Kirov G. CNVs in neuropsychiatric disorders. Hum Mol Genet. 2015;24(R1):R45–R49.
2. Willatt L R, Barber J C K, Clarkson A, et al. Novel deletion variants of 9q13–q21. 12 and classical euchromatic variants of 9q12/qh involve deletion, duplication and triplication of large tracts of segmentally duplicated pericentromeric euchromatin[J]. European journal of human genetics, 2007, 15(1): 45-52.
3. Rudolf G, Lesca G, Mehrjouy M M, et al. Loss of function of the retinoid-related nuclear receptor (RORB) gene and epilepsy[J]. European Journal of Human Genetics, 2016, 24(12): 1761-1770.
4. Ivanov H Y, Stoyanova V, Ivanov I, et al. Rare case of a heterozygous microdeletion 9q21. 11-q21. 2: Clinical and genetic characteristics[J]. Balkan Journal of Medical Genetics, 2018, 21(2): 59-62.