上次小编教大家用R语言绘制气泡矩阵图后,好多朋友都在后台留言问小编怎么给气泡矩阵图上色,今天小编就教大家怎么给气泡矩阵图上个色 !
不管我们做什么组学分析,分析到最后总是躲不过富集分析。富集分析我们可以使用R包" clusterProfiler "进行(具体教程见使用clusterProfiler对非模式生物进行富集分析)。
使用Y叔的" clusterProfiler "进行完富集分析后,可以直接使用 dotplot 绘制气泡图,而且配色还十分的好看。
但有时候我们的富集分析结果是用其他工具做出来的,或者想要更改气泡图显示的内容时,又该怎么样做出和Y叔一样的气泡图呢?
如,我想展示结果中A-D四个GO term的富集倍数、q值和count数。
准备输入文件(分为四列,第一列为GO term的描述,第二列为富集倍数,第三列为q值,第四列为count数,以"Tab"为分隔符):
准备好输入文件后,输入以下代码 :
## 导入R包
library("ggplot2")
## 导入数据
data <- read.table("input.txt",header = T,sep="\t")
## 绘制气泡图
p <- ggplot(data, aes(x = Enrichment, y = Description, size = Count, color=qvalue)) + geom_point() +xlab("Enrichment Factor")
## 修改气泡颜色
p + scale_color_gradient(low='red',high='blue') +theme_bw()
这样我们就完成气泡图的上色过程啦!
如果想要更改其他颜色,可以在scale_color_gradient 函数中修改。
参考资料: