使用eggnog-mapper进行功能注释

对于许多做非模式生物的同学来说，没有现成的功能注释可用是非常难受的一件事。而blast2go虽然可以一步到位帮你完成功能注释，但它是收费的。这时，我们可以使用eggnog-mapper进行功能注释。

eggnog-mapper现在已经更新到了V2版本，需要在Python2.7环境下运行，并保证有超过40G的存储空间存放数据库。

## 下载eggnog-mapper V2版本
git clone https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper.git

目前，eggNOG数据库已经更新到了5.0版本，收集了更为全面的物种和更多的蛋白序列信息，在进行注释前我们需要先把数据库下载下来。

## 下载
python ./download_eggnog_data.py

直接使用命令下载数据库的话速度非常慢，我们可以使用迅雷或者其他工具下载。

下载地址分别为：

http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog.db.gz

http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog_proteins.dmnd.gz

下载好后移至eggnog-mapper安装目录的data文件夹下并解压。

解压好之后就可以进行功能注释了。

## 功能注释
python emapper.py -i pep.fa --output out -m diamond --cpu 12

-i：输入蛋白序列。

--output：输出文件前缀。

-m diamond：使用DIAMOND进行序列比对。

--cpu：使用的线程数。

使用DIAMOND进行比对的速度非常快。30万条序列用12个线程注释花了5个多小时。

注释完成后会输出两个文件，emapper.annotations为后缀的文件记录了注释结果。

文件一共有22列：

2. seed eggNOG ortholog 在eggNOG中比对到的最佳结果

大家可以根据自己的需求提取对应的信息。

参考资料：

https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2

https://www.jianshu.com/p/e646c0fa6443