文献笔记六十五：叶绿体基因组组装工具综述

论文题目

The landscape of chloroplast genome assembly tools

还没有发表

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/665869v2

主要内容是比较了7款利用全基因组测序数据组装叶绿体基因组的软件。

7款工具分别是

• ORG.Asm https://git.metabarcoding.org/org-asm/org-asm
• chloroExtractor https://github.com/chloroExtractorTeam/chloroExtractor
• Fast-Plast https://github.com/mrmckain/Fast-Plast
• IOGA https://github.com/holmrenser/IOGA
• NOVOPlasty https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty
• GetOrganelle https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle
• Chloroplast assembly protocol https://github.com/eead-csic-compbio/chloroplast_assembly_protocol/

上面的7款叶绿体基因组组装工具我用过的是

NOVOPlasty GetOrganelle和chloroExtractor

我自己的感觉是： 安装好以后使用起来都相对简单，直接指定全基因测序数据，输出结果最终得到叶绿体基因组

• chloroExtractor 缺点是安装比较麻烦，依赖非常多的perl模块，perl模块的安装好像比较靠运气。
• GetOrganelle 运行时间相对比较长，依赖一些软件，帮助文档很详细，github主页上提供很详细的教程，也有示例数据。好像是昆明植物所的老师开发的，我之前发邮件请教过软件的开发者问题，很快就得到了回复，而且很详细。之前银杏基因组重测序的NC文章做了叶绿体基因组的snp，组装叶绿体基因组用到的工具就是GetOrganelle。这个工具应该有很长时间了，但是一直没有找到对应的已经发表的论文，不知道是什么原因。
• NOVOPlasty 相对来说最好用，不依赖任何软件，下载好直接使用，是一个perl脚本，准备好配置文件，而且速度也很快。还有批量的功能。对应的论文发表在了核酸研究上。