计算系统发育多样性时排除物种数影响

Picante包可以方便的计算系统发育多样性PD。

但是PD和物种数量有关。要排除物种数量对PD的影响，可用函数ses.pd计算。

核心思想很简单：

(pd.obs - pd.rand.mean)/pd.rand.sd

（观测到的PD-随机打乱后得到的PD）/打乱后PD 的sd

此外，很多其他的系统发育指数如NTI等，也是利用相同的方法排除物种的影响。

但是我不是很明白为啥这样就能把物种的影响排除了。。。

此文mark一下，以后明白了再来填坑。

另外ses.pd之前存在一个bug，在github和bioRxiv均有讨论。Picante v1.8以后的版本不用担心，已经被修正。

Github:

https://www.sogou.com/link?url=hedJjaC291MuovqUW6cN1mZpYjkqlvw9_7CI-xhWAtGy5XSA25ZSzngyfAKx583P

bioRxiv:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/579300v1