文献笔记五十：vcf2poptree根据vcf文件构建进化树的网页工具

文章题目

VCF2PopTree: a client-side software to construct population phylogeny from genome-wide SNPs

完成单位

The University of the Sunshine Coast

发表的时间是 2019 年12月份

发表的期刊是 PeerJ

PeerJ的影响因子是2.216

中科院分区生物3区

基本功能

直接上传vcf格式的变异文件，最后得到树文件

网页端工具，编写语言是JavaScript，这里想到一个笑话：

问：JavaScript和Java是什么关系？

答：是周杰和周杰伦的关系

问：那周杰和周杰伦是什么关系呢？

答：没有关系！

哈哈哈。。。扯远了

工具可以直接下载，在自己浏览器端打开就可以使用，

下载链接是

https://github.com/sansubs/vcf2pop

VCF2PopTree.html

这个文件直接使用浏览器打开就可以使用

可以上传压缩的vcf文件（.gz）或者没有压缩的vcf文件

还可以根据质量值（quality score）和覆盖度（coverage depth）对vcf文件进行过滤

两个计算距离的方法

三个模型

两个建树的方法 UPGMA tree 和 Neighbour-Joining tree (Unrooted)

两种展示树的方法

普通的矩形和环形

可以将最终得到的树的文本文件输出

最开始打开界面没有下方有一个红色按钮上面并没有字，需要先上传vcf文件，上传好以后红色按钮上才会显示出Draw的黄色字样。点击Draw就可以显示出图片。

下面是用示例文件生成的结果

可以生成这个树文件，但是没有下载图片的按钮

目前想到的用法是：如果拿到一个vcf文件可以初步用这个程序来看一下。如果真的用来建树的话应该不会用到。