免疫浸润论文：如何写好introduction（策略篇）
免疫浸润论文：如何写好introduction（策略篇）
生信论文的套路
- ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；
- 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要；
- Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；
- cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）；
- STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）；
- TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。
根据生信论文的套路总结，从oncomine、HPA分析基因的差异表达，km plotter分析差异表达与疾病分析、存活率的相关性，cBioPortal分析基因组学的突变。套路的科学依据是中心法则！我们分享论文的最终目的是掌握生信论文的套路或思路，发表自己的生信论文。
在所有的分析图表做好之后，甚至图表未全部完成的时候，我们就应该着手构思论文，积累资料和素材了。尽管有些大牛（如施一公）可以用一天一夜的时间完成CNS等顶级期刊论文的写作和投稿并且被接收（膜拜），但科研基层人员，或者临床医生写文章，时间都是碎片化的，多数需要一段时间（一般两周到一个月）的写作。如果算上修改的时间，周期更长。
我们前面介绍了免疫浸润生信论文题目的拟定，不涉及复杂的逻辑关系或者信号通路描述，因此比较简单。而在题目初步拟定之后，接下来不是写作摘要，确定关键词或者作者信息，而是着手Introduction部分的写作。
这部分我们分为上篇（侧重写作策略）和下篇（侧重实践，以论文为例）。
Introduction包括研究背景的总结和总结、科学问题凝练和提出，是对“故事”来龙去脉的介绍，也决定论文是否被期刊接收。因此，务必重视introduction的写作。
在论文写作时，先选定拟投的期刊，去相应网站阅读期刊的说明（instructions）。不过，期刊说明一般是格式上的要求，如字数限制；内容上要求的比较少。
格式要求请登录拟投稿的期刊官网，内容虽然大多数期刊没有具体要求，但在科研论文中有约定俗成的东西在里面。我们小时候写记叙文——时间、地点、任务和情节，这是基本要素，至于起承转合那是技巧。因此，对于科研论文的基本要素，我们在写作时必须了然于心，这样才能养成良好的写作习惯，写出优秀的生信科研论文。
1 、背景介绍（需要大量阅读和积累，难点）
生信论文的背景介绍有两种通用的方式。
第一种是从疾病入手，即从待研究的肿瘤说起，再介绍该肿瘤的发病率、死亡率、预后和治疗情况，从而提出科学问题，引出待研究的基因；接着介绍基因的基本信息，阐释其功能，归纳式提出该基因在肿瘤中的潜在作用。
第二种是从基因入手，即先介绍基因的基本信息，阐释其功能，在阐释说明该基因在某肿瘤中的作用尚不清楚，从而提出科学问题；接着从待研究的肿瘤说起，介绍该肿瘤的发病率、死亡率、预后和治疗情况，然后解释说该基因可能在该肿瘤中具有重要作用。
整体而言，第二种思路的说服力稍弱。
2 、问题归纳（最重要的部分，重点）
背景介绍之后，接下来的部分应该为当前研究提供一个强有力的支撑，也就是凝练、归纳科学问题，提升研究意义，这是引言中最重要的部分。
在生信论文写作中，一般是提出某基因可能在一种肿瘤中具有预后价值及其与免疫浸润存在相关性。
问问自己——为什么我的生信论文值得出版？
3 、给出方案
引言最后，常常简明扼要地总结，使读者对方法和结论有个整体的认识。生信论文引文的最后一段通常是介绍通过哪些数据库分析，获得哪些结果，最终可以得出什么结论，一目了然。
个人认为，临床思维源于实战，而科研思维来源于文献阅读。在实验室里跟着师兄师姐甚至导师学习，学到的更多是实验操作。科研思维的学习最好是多读文献。
文献阅读除了提供科研思维，还能指导写作，尤其是Introduction部分。引文（Introduction）是一篇SCI论文的开场白，就象与人见面时的自我介绍一样。因此，引文要简洁清晰，重点突出，有吸引力。
好的引文是一篇论文成功的一半。
引文的基本内容：介绍背景（一段或两段）、提出问题（一段），解决问题（一段或2段）。一般引文介绍3~5段。
- 疾病或基因的背景介绍；
- 前人研究的成果、现实情况，存在的问题；
- 阐明研究原因或意义。介绍研究的性质、范畴及其重要性，突出研究目的和待解决的科学问题；
- 研究方法，新发现和意义。
