REPIC数据库：可以将m6A数据与表观数据联合分析

REPIC(RNA EPItranscriptome Collection)数据库记录了大约1000万个peak，这些peak是使用统一的分析方法从公开可用的m6A-seq和MeRIP-seq数据中得到的。将这些数据在内置基因组浏览器中呈现，用以展示m6A甲基化位点、组蛋白修饰位点和染色质可及性区域。REPIC的网址是：https://repicmod.uchicago.edu/repic。

为了更好地探索日益复杂的m6A数据集，已经构建了几个数据库(RMBase v2.0、MET-DB v2.0、CVm6A)和Web服务器(RNAmod、Well、SRAMP)来组织和集成现有资源。

其中，RMBase v2.0整合了5种或更多类型的RNA修饰、RBP结合位点和单核苷酸多态性的位点信息，而Met-DB v2.0和CVm6A从原始m6A测序数据中公布了由它们自己的分析方法处理的m6A peak(表1)。

最近的研究发现了m6A修饰与启动子或组蛋白标记之间的联系，为潜在的调控途径及其机制提供了新的见解。通过这些途径，m6A可以影响转录调控和基因表达。然而，m6A修饰和表观基因组数据并没有很好地协调在一起，需要新的生物信息学工具来处理、分析和可视化这些数据的集成。

表1 REPIC与已发表数据库的比较总结

为了深入了解m6A修饰的细胞或组织特异性，REPIC支持按细胞系或组织类型查询m6A修饰。在搜索页面上，作者列出了所有可用的细胞系和组织类型的选项，旁边是过滤选项 (图1)。一旦提交的查询完成，将在用户友好的界面中呈现报告，其中包含每个peak的以下信息：基因组位置、识别peak的分析工具、丰富指数和基因组特征注释等。详细操作说明见https://repicmod.uchicago.edu/repic/manual.php。

图1 REPIC数据库的web界面截图