空间转录组听课收获

前些天，《百奥智汇》在我们《单细胞天地》宣传了他们的公开课，见：线上讲座 | 单细胞空间转录组专题——实验技术和前沿应用, 已经圆满结束.

“空间转录组”专题讲座已经结束，回看请访问网页版地址：https://ke.qq.com/webcourse/index.html#cid=2728654&term_id=102835765&lite=1&from=800021724

image-20200820183050735

如果你没有时间看，也可以下载保存一份，参考：什么，腾讯课堂的免费单细胞公开课录屏马上就要删除了

下面是我们生信技能树转录组讲师张娟的听课笔记

产品介绍

产品为：10X Visium空间转录组

技术优势：

• 获得多样本类型中完整组织切片的无偏和高通量的基因表达分析
• 了解局部细胞在正常和病变组织中的相互作用
• 无需进行组织解离即可进行基因表达研究
• 分析和了解基因表达一致性及其对生物系统的影响
• 高灵敏度，高分辨率，周期短及组织兼容性强

应用方向：肿瘤学，免疫学，发育生物学，神经科学，病理学

技术原理：

主要使用Poly-A捕获和唯一空间barcodes，示意图如下

实验流程-组织透化：

样本准备->染色和成像->组织透化->荧光cDNA合成和成像

最佳透化时间为：荧光信号最强；弥散最弱

从样本准备到数据分析的流程

样本准备->成像->标记和文库构建->上机测序和分析

测序要求建议:

1，文库结构为下：

2，测序策略以及平台：

3，测序深度建议

一般结果展示

有测序数据结果展示，比对，Spots区域分辨率，UMIs检测，聚类等基本分析。

最后分享了一篇应用文章：空间转录组技术解析人鳞状细胞癌

文章信息如下：

标题：Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma

发表时间和杂志：Cell ( IF 38.637 ) Pub Date : 2020-06-23

通讯作者和单位：[Paul A. Khavari](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Khavari PA[Author]&cauthor=true&cauthor_uid=32579974)1,2,7,9,∗

• 斯坦福大学医学院上皮生物学课程
• 斯坦福大学医学院的斯坦福癌症研究所
• 退伍军人事务帕洛阿尔托医疗保健系统

最后附上别人的文献解读链接：https://mp.weixin.qq.com/s/X-EmYdQQfgAQBsTNLzq2ww